日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白的生物信息学和B细胞抗原表位分析

• 作者: 余冬阳 刘伯玉 朱禹 杨莉 柳燕 洪颖 罗婉蓉 陈振 高越
• 来源期刊: 安徽医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 日本斑点热立克次体安徽120株 ompB B细胞抗原表位 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 基础医学研究
• 页码范围: 819-824
• 页数: 6页
• 分类号: R376.3
• 字数: 4380字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2020.06.001

摘要

目的 对从我国临床患者血液中新发现和分离出的日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白进行系统的结构与功能预测,为深入了解其在立克次体致病机制中的作用、研发斑点热临床诊断试剂和疫苗提供理论基础.方法 基于日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码的氨基酸序列,应用生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性等性质和可能的B细胞抗原表位.结果 日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因在3297～3311处存在连续15个碱基的缺失,除此之外,该分离株还有4个碱基突变.该基因编码的氨基酸数目为1651个,蛋白质分子量为167.69 ku,共由20种氨基酸组成,其中含量较多的氨基酸是Gly;理论等电点pI为5.15,消光系数为58805或58680,蛋白不稳定指数为7.15,脂肪指数为88.86,总平均亲水性(GRAVY)为0.06,为疏水性蛋白;Sig-nal peptide(Sec/SPI)Likelihood为0.5677,有信号肽序列;存在一个Pfam区域和自转运体区,分别与细菌黏附宿主和蛋白质转运有关;蛋白二级结构中以无规卷曲为主,其次为β-折叠和 α-螺旋,分别占到53.73％、30.83％和15.45％.同源模建蛋白的三级结构中,第1308～1651氨基酸部分在蛋白表面形成桶状结构,可能具有丝氨酸蛋白酶的作用;蛋白分子内抗原表位较丰富,共有159个可能的抗原表位,预测分数最高(0.94)的为1269～1284位序列.结论 成功分析和预测了日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白的组成、蛋白质的二级结构、三级结构和B细胞抗原表位,为研究日本斑点热立克次体的致病机制、临床诊断试剂和亚单位疫苗的研发提供了理论支持.