非小细胞肺癌甲醛固定石蜡包埋组织储存年限对DNA靶向捕获二代测序的影响

• 作者: 丁博闻 向婵 董楠 赵瑞英 郭连英 韩昱晨 马圣吉
• 来源期刊: 中华病理学杂志
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 技术交流
• 页码范围: 619-622
• 页数: 4页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn112151-20191007-00543

摘要

目的 探讨非小细胞肺癌(NSCLC)甲醛固定石蜡包埋(FFPE)组织样本的不同保存年限对DNA质量及靶向捕获二代测序的影响.方法 收集上海市胸科医院经手术切除、FFPE后常规储存的NSCLC标本共147例.这些标本按储存年限分为＜1年(n=43)、1～3年(n=40)、＞3～5年(n=37)、＞5年(n=27)4组,采用磁珠法提取DNA,然后对其进行靶向捕获二代测序.分析不同保存时间对DNA片段化程度、文库产量、文库复杂度、测序成功率及测序突变类型的影响.结果 随标本保存年限的增长,DNA片段化程度增高;文库总产量、总建库复杂度、测序成功率降低;测序单碱基突变类型C＞T(G＞A)频率最高.结论 在常规FFPE标本储存条件[可控的低湿度室温(20～25℃)环境]下,3年内的FFPE标本能够进行二代测序且结果高度可信;＞3～5年的FFPE标本可进行二代测序,但存在假阴、阳性结果;5年以上的FFPE标本大部分仅可尝试进行二代测序检测.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭连英	上海市胸科医院上海交通大学附属胸科医院病理科	1	0	0.0	0.0
2	向婵	上海市胸科医院上海交通大学附属胸科医院病理科	1	0	0.0	0.0
3	赵瑞英	上海市胸科医院上海交通大学附属胸科医院病理科	1	0	0.0	0.0
4	马圣吉	上海市胸科医院上海交通大学附属胸科医院病理科	1	0	0.0	0.0
5	丁博闻	上海市胸科医院上海交通大学附属胸科医院病理科	1	0	0.0	0.0
6	董楠	上海市胸科医院上海交通大学附属胸科医院病理科	1	0	0.0	0.0