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基于RAD-seq简化基因组测序的河南斗鸡遗传进化研究
基于RAD-seq简化基因组测序的河南斗鸡遗传进化研究
作者:
张会永
朱云芬
李国辉
殷建玫
苏一军
薛倩
韩威
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
河南斗鸡
简化基因组测序
遗传进化
摘要:
研究旨在基因组水平上揭示河南斗鸡的遗传进化机制.利用RAD-seq简化基因组测序鉴定河南斗鸡与其他18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析河南斗鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因.结果 表明,在河南斗鸡中鉴定出SNP标记259,412个.与其他18个地方鸡种相比,河南斗鸡的观察杂合度Ho(0.1560)和核苷酸多样度Pi(0.1752)均为最低,近交系数Fis为0.1099,遗传多样性相对匮乏;河南斗鸡的平均遗传分化系数Fst最高(0.2187),平均基因流Nm最低(0.9017),在以引入品种为外群的系统发育树中形成一个独立的分支.通过Fst和θπ检验,在河南斗鸡中鉴定出24个受选择区域、129个受选择基因.GO和KEGG分析表明这些受选择基因主要富集在能量代谢、神经系统发育、运动行为、微管细胞骨架等生物学通路.
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文献信息
篇名
基于RAD-seq简化基因组测序的河南斗鸡遗传进化研究
来源期刊
家畜生态学报
学科
农学
关键词
河南斗鸡
简化基因组测序
遗传进化
年,卷(期)
2020,(5)
所属期刊栏目
科学研究
研究方向
页码范围
11-15
页数
5页
分类号
S811.5
字数
2292字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1673-1182.2020.05.003
五维指标
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河南斗鸡
简化基因组测序
遗传进化
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
家畜生态学报
主办单位:
西北农林科技大学
出版周期:
月刊
ISSN:
1673-1182
CN:
61-1433/S
开本:
16开
出版地:
陕西杨凌西北农林科技大学
邮发代号:
创刊时间:
1980
语种:
chi
出版文献量(篇)
3988
总下载数(次)
5
总被引数(次)
22521
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