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摘要:
研究旨在基因组水平上揭示河南斗鸡的遗传进化机制.利用RAD-seq简化基因组测序鉴定河南斗鸡与其他18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析河南斗鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因.结果 表明,在河南斗鸡中鉴定出SNP标记259,412个.与其他18个地方鸡种相比,河南斗鸡的观察杂合度Ho(0.1560)和核苷酸多样度Pi(0.1752)均为最低,近交系数Fis为0.1099,遗传多样性相对匮乏;河南斗鸡的平均遗传分化系数Fst最高(0.2187),平均基因流Nm最低(0.9017),在以引入品种为外群的系统发育树中形成一个独立的分支.通过Fst和θπ检验,在河南斗鸡中鉴定出24个受选择区域、129个受选择基因.GO和KEGG分析表明这些受选择基因主要富集在能量代谢、神经系统发育、运动行为、微管细胞骨架等生物学通路.
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文献信息
篇名 基于RAD-seq简化基因组测序的河南斗鸡遗传进化研究
来源期刊 家畜生态学报 学科 农学
关键词 河南斗鸡 简化基因组测序 遗传进化
年,卷(期) 2020,(5) 所属期刊栏目 科学研究
研究方向 页码范围 11-15
页数 5页 分类号 S811.5
字数 2292字 语种 中文
DOI 10.3969/j.issn.1673-1182.2020.05.003
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研究主题发展历程
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河南斗鸡
简化基因组测序
遗传进化
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家畜生态学报
月刊
1673-1182
61-1433/S
16开
陕西杨凌西北农林科技大学
1980
chi
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