严重急性呼吸道感染病例中人冠状病毒OC43基因特征分析

• 作者: 何佩 孙凯旋 崔爱利 张荣波 许文波
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 人冠状病毒OC43(HCoV-OC43) 基因型别 基因特征
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 人类病毒研究论著
• 页码范围: 236-245
• 页数: 10页
• 分类号: R373.1|R511
• 语种: 中文
• DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003652

摘要

人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)是导致人呼吸道感染的重要病原之一.为了从分子水平上探讨严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)病例中HCoV-OC43的基因特征,本研究应用实时荧光定量(Real-time)PCR方法对2019年河南省374份SARI病例样本进行HCoV-OC43核酸筛查,并对核酸检测阳性样本进行棘突蛋白(Spike,S)、RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)和核衣壳蛋白(Nucleocapsid,N)三个靶基因扩增和序列测定.结合从GenBank数据库筛选的国内外42条代表序列和本研究所获得的S、RdRp和N三个靶基因全长序列构建基因亲缘性关系树,对本研究所获得的HCoV-OC43样本进行基因型别鉴定和基因特征分析,并对HCoV-OC43重要抗原S蛋白进行氨基酸位点变异分析.结果 显示:在374份SARI病例样本中共检测出15份HCoV-OC43核酸阳性样本(15/374,4.01％),并在4份临床样本中获得S、RdRp和N基因全长序列.通过构建基因亲缘性关系树,结果显示有3株属于G基因型,1株属于H基因型.S蛋白氨基酸位点变异分析结果提示,2019年G基因型流行株(包括本研究的3株和美国株USA/MN306041/SC0810/2019)有特异性的3个氨基酸位点变异:L272P、P516S和S902A.2019年H基因型流行株(包括本研究的1株和美国株USA/MN306043/SC0841/2019)特异的氨基酸位点变异为N484D.本研究通过对2019年河南省流行的HCoV-OC43进行基因型别鉴定与基因特征分析,为我国HCoV-OC43的分子变异变迁研究提供了基线数据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张荣波		86	220	8.0	9.0
2	崔爱利		2	0	0.0	0.0
3	许文波		3	0	0.0	0.0
4	孙凯旋		1	0	0.0	0.0
5	何佩		1	0	0.0	0.0