多发性骨髓瘤患者与健康人脂肪基质细胞差异的关键基因测定及分析

• 作者: 刘中国 宋宜来
• 来源期刊: 解放军医学院学报
• 学科: 医学
• 关键词: 多发性骨髓瘤 脂肪基质细胞 GO富集分析 京都基因与基因组百科全书 关键差异基因
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 基础研究论著
• 页码范围: 386-392,403
• 页数: 8页
• 分类号: R733.4
• 字数: 3401字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-5227.2020.04.016

摘要

目的 鉴定健康人与多发性骨髓瘤(multiple myeloma,MM)患者脂肪基质细胞的基因表达差异,为MM研究提供依据.方法 利用基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载与多发性骨髓瘤基质细胞和正常脂肪基质细胞相关的GSE133346微阵列数据芯片,通过R语言软件对数据经过标准化、校准、log2转化、转换基因ID和补充缺失值,然后以|log fold change(FC)|>1.5以及差异值P<0.05为标准筛选数据库中经校准的表达基因.差异基因通过注释、可视化和集成在线数据库(DAVID)获得GO富集分析结果 ,包括生物过程(biological processes,BP)、细胞成分(cellular components,CC)、分子功能(molecular functions,MF).蛋白功能关系网络(STRING)在线数据库对筛选出的差异基因进行分析,利用图形化显示、分析和编辑蛋白网络的软件(Cytoscape)进行拓扑学分析筛选出关键差异基因.通过癌症数据在线分析和挖掘的网站(UALCAN)分析评估相关关键差异基因的表达结果.结果24个样本(MM患者和健康者各12例)来源的脂肪基质细胞,筛选出差异基因148个,其中上调47个,下调101个.GO和KEGG富集分析结果中,BP主要富集在白细胞迁移、细胞黏附、细胞对成纤维细胞生长因子刺激的反应、细胞外基质组织.CC主要富集在细胞外外泌体、内质网腔、细胞外区域、细胞表面以及质膜.MF主要富集在胶原结合,肌动蛋白结合,血小板衍生生长因子受体结合,细胞外基质结构成分以及微管蛋白结合.KEGG通路上差异基因富集在黏着力,调节肌动蛋白细胞骨架,ECM-受体相互作用,癌症中的胆碱代谢以及PI3K-Akt信号通路.拓扑学分析得到关键差异基因30个,其中上调14个,下调16个.UALCAN分析关键差异基因,其中验证出6个差异基因与肿瘤患者的生存相关,包括CSRP1、FYN、MYLK、FSTL3、LAMB1、PRRX1.其中CSRP1、FYN和MYLK与MM发展正相关,而FSTL3、LAMB1、PRRX1与MM发展负相关.结论 在对12例多发性骨髓瘤患者与12名健康人脂肪基质细胞微阵列数据芯片的分析中,筛选出了6个与MM患者脂肪基质细胞相关的关键差异基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘中国		57	204	9.0	11.0
2	宋宜来		4	1	1.0	1.0