基于FlowJo软件生物信息学降维方法的小鼠骨髓造血干祖细胞流式分析

• 作者: 于文颖 付伟超 张森 梁昊岳 茹永新 董树旭 赵轼轩 高瀛岱
• 来源期刊: 医疗卫生装备
• 学科: 医学
• 关键词: 流式细胞术 骨髓 造血干祖细胞 FlowJo软件 降维
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 研究与设计
• 页码范围: 15-19,29
• 页数: 6页
• 分类号: R318
• 字数: 3340字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19745/j.1003-8868.2020029

摘要

目的:研究流式细胞术检测小鼠骨髓造血干祖细胞分析方法,探索建立使用流式细胞术结合生物信息学分析小鼠造血干祖细胞的新方法,为实验血液学研究提供基础.方法:使用流式细胞仪进行小鼠骨髓造血干祖细胞流式分析;使用FlowJo软件对造血干祖细胞结果应用t-分布邻域嵌入算法(t-distributed stochastic neighbor embedding,tSNE)、统一流形逼近与投影(uniform manifold approximation and projection,UMAP)和流式自组织特征映射(flow self-organizing feature map,FlowSOM)分析,并对分析结果进行比较,探索通过生物信息学降维方式分析小鼠造血干祖细胞流式结果的新方法.结果:tSNE、UMAP和FlowSOM分析可以通过降维直观地反映群体细胞的抗原表达水平,并对细胞进行分群和聚类.其分析结果与传统流式分析所得细胞群比例相符.结论:流式细胞术结合FlowJo软件建立的小鼠骨髓造血干祖细胞分析方法可以很好地评价造血干祖细胞各群分布和比例,具有较好的稳定性和评价能力.