食管鳞状细胞癌中驱动基因的多组学关联分析

• 作者: 刘天媛 吴晨 席奕轶 施新泽 林东昕 林霖 王雨芊 郭文佳
• 来源期刊: 医学研究杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 食管鳞状细胞癌 驱动基因 多组学 预后
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 100-103,107
• 页数: 5页
• 分类号: R73
• 字数: 3618字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11969/j.issn.1673-548X.2020.01.021

摘要

目的 探讨食管鳞癌驱动基因的体细胞突变、拷贝数改变、基因表达和DNA甲基化等多个分子层面的改变及其交互影响.方法 从肿瘤基因组图谱计划(TCGA)下载95例食管鳞癌多组学数据,结合实验室前期91例患者测序结果 进行分析;根据驱动基因突变将患者分组,对两组患者的基因表达水平进行非配对t检验;通过Spearman秩相关进行拷贝数改变、DNA甲基化与驱动基因表达水平的关联分析;通过Log-Rank检验对突变组和非突变组患者生存曲线进行比较.结果 多维度数据关联分析结果 显示,驱动基因TP53、RB1、ZNF750和PTCH1的表达水平在突变组与非突变组间比较,差异有统计学意义(P=0.011,FC=1.43;P=0.045,FC=0.44;P=0.012,FC=2.20;P=0.011,FC=2.62);驱动基因CUL3、PIK3CA、RBPJ、FBXW7、CDKN2A、PTEN、RB1和CERBBP的表达水平与其拷贝数改变呈显著正相关;多个驱动基因表达受启动子和基因体甲基化的共同调控,并且在两部分数据中存在差异;驱动基因CREBBP(P=0.000)和FAT1(P=0.002)的突变与患者预后相关,可作为食管鳞癌潜在的预后标志物.结论 通过对食管鳞癌多组学数据的整合分析,阐述了食管鳞癌中体细胞突变、拷贝数改变、DNA甲基化与20个驱动基因表达水平的关联,并发现CREBBP和FAT1的突变可能成为食管鳞癌患者潜在的预后标志物.这些结果 为进一步探究驱动基因在食管鳞癌中的功能机制奠定了一定基础.