黄芪抗肿瘤相关靶基因筛选、生物学功能分析及关键基因水平与非小细胞肺癌和乳腺癌预后的关系

• 作者: 张艺 陈丹
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 生物学
• 关键词: 黄芪 靶基因 抗肿瘤相关靶基因 生物信息学分析法 肿瘤
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 5-8
• 页数: 4页
• 分类号: Q819
• 字数: 3321字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2020.06.002

摘要

目的 筛选中药黄芪抗肿瘤相关靶基因,分析黄芪抗肿瘤相关靶基因生物学功能,探讨黄芪抗肿瘤相关靶基因中的关键基因表达水平与非小细胞肺癌和乳腺癌预后的关系.方法 在中医大百科全书数据库(ETCM)中对中药黄芪进行检索,筛选黄芪抗肿瘤相关靶基因.采用基因本体论(GO)分析黄芪抗肿瘤相关靶基因生物学功能,京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析黄芪抗肿瘤相关靶基因信号通路.采用STRING数据库构建上述基因编码蛋白相互作用网络(PPI),分析网络中蛋白相互作用关系,并采用Cytoscape软件筛选网络中的关键基因,对关键基因表达水平与非小细胞肺癌和乳腺癌预后关系进行分析.结果 黄芪抗肿瘤相关靶基因有TVAII、TOP2A、SHMT1、POLR2A、POLR2D等,其生物学功能主要富集于谷氨酰胺代谢、嘌呤化合物合成、己糖转运等;相关基因细胞成分主要富集于氧谷氨酸脱氢酶复合物、过氧化物酶体和线粒体膜等;分子功能主要富集于氧化还原酶活性、羧基裂解酶活性和糖代谢等.KEGG信号通路主要富集于维甲酸信号通路、TP53调节代谢基因信号通路及叶酸代谢信号通路等.黄芪抗肿瘤关键基因为POLR2A、POLR2D、POLR2G.POLR2D基因表达水平与非小细胞肺癌(HR=1.20,P=0.04)及乳腺癌(HR=1.40,P=0.04)存在正相关性.结论 黄芪抗肿瘤相关靶基因有TVAII、TOP2A、SHMT1、POLR2A、POLR2D等,其生物学功能主要与谷氨酰胺代谢等有关、细胞成分主要富集于氧谷氨酸脱氢酶复合物等、分子功能主要参与氧化还原酶活性等.KEGG信号通路主要富集于维甲酸信号通路等.黄芪抗肿瘤关键基因POLR2D高表达的非小细胞肺癌、乳腺癌患者生存期短.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张艺	天津医科大学宝坻临床学院	3	1	1.0	1.0
2	陈丹	天津医科大学基础医学院	3	8	1.0	2.0