草莓CIPK基因家族的鉴定与表达分析

• 作者: 何红红 刘涛 卢世雄 梁国平 毛娟 王萍萍 陈佰鸿
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 草莓 CIPK基因家族 qRT-PCR 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 127-142
• 页数: 16页
• 分类号: S668.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0219

摘要

从拟南芥数据库中获得CIPK基因家族注册号,运用生物信息学分析的方法,在蔷薇科森林草莓(Fragaria vesca)数据库中得到CIPK基因家族成员19个,可分为6个亚族.该基因家族分布在草莓7条染色体中的6条上.其编码蛋白的氨基酸数157～1 196,理论等电点3.91～9.34,分子量18 667.68～133 714.31 D.基因结构分析表明,有11条基因只有1个外显子,其余基因外显子数2～15.亚细胞定位结果表明,该基因家族成员主要在细胞质、细胞核和叶绿体上表达.蛋白质二级结构预测表明,该基因家族成员主要以α-螺旋、β-转角和不规则卷曲为主.对上游2kb区域启动子顺式作用元件分析表明,该基因家族成员对逆境胁迫应答MYB响应明显,除FvCIPK02、FvCIPK5、FvCIPK17外,其他基因均对脱落酸应答元件ABRE响应明显.qRT-PCR数据分析表明,FvCIPK16、FvCIPK10和FvCIPK09分别在PEG、ABA和NaC1处理下,草莓试管苗中的相对表达量最高,分别是对照的18.4倍、29倍、13倍,说明FvCIPK16强响应干旱胁迫,FvCIPK1D强响应ABA诱导,FvCIPK09强响应高盐胁迫;另外发现各处理的FvCIPK03相对表达量均下调,推测FvCIPK03在植物逆境胁迫中起负调节作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈佰鸿	甘肃农业大学园艺学院	128	886	13.0	25.0
2	刘涛	甘肃农业大学园艺学院	8	5	1.0	2.0
3	毛娟	甘肃农业大学园艺学院	91	429	10.0	18.0
4	何红红	甘肃农业大学园艺学院	12	6	2.0	2.0
5	梁国平	甘肃农业大学园艺学院	13	7	2.0	2.0
6	卢世雄	甘肃农业大学园艺学院	10	4	1.0	1.0
7	王萍萍	甘肃农业大学园艺学院	3	1	1.0	1.0