基于信使核糖核酸和微型核糖核酸芯片分析进展期肝癌靶基因

• 作者: 刘惠平 方彩珊 李柯谊 李菁 綦向军 莫嘉浩 许洪彬 钟崇
• 来源期刊: 中国临床药理学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 基因芯片分析 原发性肝癌 微型核糖核酸 信使核糖核酸
• 年，卷（期）: 2020,（13）
• 所属期刊栏目: 临床与基础桥接研究
• 页码范围: 1837-1841
• 页数: 5页
• 分类号: R97
• 字数: 1964字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13699/j.cnki.1001-6821.2020.13.017

摘要

目的 筛选进展期原发性肝癌(HCC)相关靶基因.方法 从Gene Expressed Omnibus(GEO)数据库下载信使核糖核酸(mRNA)和微型核糖核酸(miRNA)表达谱.通过limma函数包分析得出差异表达mRNA、miRNA.基于FunRich软件对差异表达的miRNA进行转录因子富集分析.利用TargetScan筛选由差异表达miRNA调节的靶基因,并用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA网络图.基于R软件对miRNA-mRNA进行联合基因本体(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集进行分析.结果 从进展期HCC样品中筛选出2382个差异表达mRNAs、213个差异表达miRNAs,对应的转录因子中以EGR1和SP1表达最为显著,miRNA-mRNA调控网络中具有较高节点度的基因为CPEB3、FERMT2.miRNA-mRNA富集于128个GO terms中,如蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性正调控等过程,通路主要富集在包括FoxO信号、MARK信号通路等.结论 Hsa-miR-614可能与进展期HCC关系密切,CPEB3、ALB可能是进展期HCC的潜在生物标志物.