罗氏沼虾SNP标记筛选及不同群体的遗传多样性

• 作者: 周晓敏 戴习林
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 罗氏沼虾 SNP 直接测序法 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 页码范围: 1249-1263
• 页数: 15页
• 分类号: Q347|S917.4
• 字数: 7286字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20190411731

摘要

罗氏沼虾因其自身的生长优势,已成为我国重要的养殖虾类,为保证其养殖的持续健康发展,对其进行遗传多样性分析.利用罗氏沼虾性腺组织转录组测序结果,参考NCBI数据库,选取60个SNP位点,以马来西亚野生群体(MW)为样本,采用直接测序技术进行位点多态性检测,得到25个(41.7％)具有二态性等位基因位点.并对罗氏沼虾上海(SH)、浙江(ZJ)、马来西亚养殖群体(MF)、生长快速品系选育群体(BG)及MW群体5个群体的150尾个体进行遗传多样性分析,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.18～0.30和0.28～0.37,平均多态性信息含量依次为0.29、0.24、0.21、0.26和0.33,表现为中低等多态水平;群体间的遗传相似性系数和遗传距离变化范围分别为0.659～0.968和0.032～0.417,MF群体和BG群体遗传相似系数最小、遗传距离最大,SH群体和ZJ群体遗传相似系数最大、遗传距离最小;遗传分化指数和基因流的范围分别为0.045～0.363和0.440～5.293,MF群体和MW群体之间出现最高值,SH群体和ZJ群体出现最低值,SH群体和ZJ群体基因流最高,MF群体和MW群体最低;AMOVA分子方差分析显示,遗传变异主要来源于群体内,群体间的变异为26.33％.5个群体近交系数为0.151～0.342,3个养殖群体的平均近交系数均高于野生群体,对25个位点在5个群体中的基因型进行统计分析,有9个位点处的BG群体的基因型与其他3个养殖群体基因型分离方向相反,14个位点处3个养殖群体中杂合个体频数较MW群体低.研究结果为进一步开展罗氏沼虾遗传育种研究及保护政策的制定提供了参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	戴习林	上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心	79	681	14.0	20.0
10	周晓敏	上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心	1	0	0.0	0.0