中国樱桃InDel标记开发及其在蔷薇科果树中通用性评价

• 作者: 张静 汤浩茹 王小蓉 王燕 王珏 王磊 陈涛 陈清
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 中国樱桃 全基因组 InDel标记 蔷薇科果树 通用性
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 98-110
• 页数: 13页
• 分类号: S662.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0062

摘要

对栽培和野生中国樱桃进行De novo基因组测序和比对,在全基因组范围内检测筛选出50 617个InDel位点,并挑选均匀分布的200个标记进行验证,其中,27个标记在中国樱桃种内表现出多态性.利用多态性标记,对不同来源的192份中国樱桃(168份栽培和24份野生)种质进行基因型分型,共检测到60个等位基因(Na),平均每个标记2.2个;基因多样性指数(Hs)为0.010～0.500,平均0.239;多态性信息含量(PIC)为0.010～0.375,平均0.198,表明中国樱桃遗传基础相对狭窄.根据聚类结果和地理分布将192份中国樱桃种质大致划分为5个群体.筛选出在蔷薇科李亚科樱属、李属、桃属、杏属、苹果亚科梨属、苹果属和蔷薇亚科草莓属、悬钩子属等重要果树共8个属156个个体中表现出较好通用性标记34个.物种与中国樱桃亲缘关系越近,InDel标记的多态性越高.