麦氏弧菌多位点序列分型方法的建立与应用

• 作者: 于可艺 代航 徐潇 王多春 蔡红艳 黄振洲
• 来源期刊: 疾病监测
• 学科: 医学
• 关键词: 麦氏弧菌 多位点序列分型 管家基因 序列型
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 75-80
• 页数: 6页
• 分类号: R378
• 语种: 中文
• DOI: 10.3784/j.issn.1003-9961.2020.01.017

摘要

目的 建立针对麦氏弧菌的多位点序列分型(MLST)方法,评价该方法的分型效果,并对收集的麦氏弧菌进行MLST分析.方法 筛选出7个管家基因(ftsZ、gapA、mreB、gyrB、purM、recA、ropA),设计特异引物,在17株麦氏弧菌中PCR扩增管家基因序列.用DnaSP 6.12.03软件和Split tree 4.0软件评价基因多态性、中性进化和基因重组情况;根据7个管家基因的序列差异获得对应的序列分型(ST)型别,用BioNumerics 7.1软件对不同ST型别构建最小生成树和聚类图,并用eBURST 3.0软件计算克隆复合体(CCs).结果 所选的管家基因具有足够多的等位基因位点、序列差异和足够高的分辨率;7个管家基因的Splittree对所有麦氏弧菌的聚类一致;中性试验结果显示,7个管家基因在进化过程中受遗传漂变的影响较小.MLST将17株麦氏弧菌分成14个ST型别,大多数菌株(64.70％)均单独形成一个ST型别,其中ST007形成了可能的优势克隆群.这些菌株之间存在相对较远的遗传距离,在垂直传播上呈现出潜在的地域聚集性.结论 本研究建立的麦氏弧菌的MLST方法能分析麦氏弧菌的种群结构和遗传进化关系.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王多春	中国疾病预防控制中心传染病预防控制所	26	77	5.0	7.0
2	徐潇	中国食品药品检定研究院生物制品检定所	17	74	6.0	8.0
3	黄振洲	中国疾病预防控制中心传染病预防控制所	3	3	1.0	1.0
4	于可艺	中国疾病预防控制中心传染病预防控制所	1	1	1.0	1.0
5	代航	中国疾病预防控制中心传染病预防控制所	4	3	1.0	1.0
6	蔡红艳	中国疾病预防控制中心传染病预防控制所	3	3	1.0	1.0