柑橘属SAUR基因家族的全基因组鉴定及表达分析

• 作者: 余洪 张盼 朱世平 王福生 管德龙 胡洲 赵晓春
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 柑橘属 SAUR基因家族 基因表达 全基因组鉴定
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 23-40
• 页数: 18页
• 分类号: S666
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0581

摘要

分析SAUR(Small auxin up-regulated RNA)基因家族在不同柑橘基因组中的数量、连锁群分布、基因结构、系统进化、基因表达模式等,从香橼、柚、莽山野橘和克里曼丁橘等基因组中分别鉴定到69、62、58和70个SA UR基因.SA UR在基因组上分布不均,呈现明显的串联重复现象,基因家族成员的差异可能是由于串联重复和染色体大片段复制引起.大多数柑橘SA UR基因不含内含子,含有SA UR特有的4个保守motif.系统进化树分析显示,来源于拟南芥、水稻、番茄、马铃薯和柑橘的629个SA UR基因分为9组,每一组都含有5个物种的家族成员,并且同一个物种的SAUR基因具有较近的遗传距离.顺式元件分析表明,CclSA UR基因家族成员的上游序列含有光响应、转录因子结合、激素响应、伤害响应、低温响应、玉米素代谢和类黄酮生物合成相关的元件.qRT-PCR分析结果显示,大多数CclSA UR都能响应外源IAA和低温处理.