合作猪IFN-ε基因克隆及生物信息学分析

• 作者: 杨姣姣 杨巧丽 滚双宝 王伟 谢开会 闫尊强 马艳萍
• 来源期刊: 西北农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 合作猪 IFN-ε基因 CDS 克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 页码范围: 11-20
• 页数: 10页
• 分类号: S828
• 字数: 6671字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7606/j.issn.1004-1389.2020.01.002

摘要

旨在克隆合作猪干扰素ε(Interferon epsilon,IFN-ε)基因,并对其结构和编码蛋白进行生物信息学分析,为进一步研究合作猪IFN-ε生物学功能提供参考.根据GenBank上公布的猪IFN-ε基因序列(登录号:NM_001105310.1)设计引物,PCR扩增及测序获得合作猪IFN-e基因完整编码区序列(Coding sequence,CDS),并对其进行生物信息学分析.结果 显示,合作猪IFN-ε基因编码区长582 bp,编码193个氨基酸.该基因编码区序列与杜洛克猪、人、小鼠、黑猩猩、狗、瘤牛、蒙古野马、山羊和绵羊的同源性分别为98.4％、77.7％、56.8％、78.2％、76.5％、87.0％、85.5％、85.0％和86.0％;系统进化树结果表明,合作猪与瘤牛、蒙古野马、绵羊、山羊亲缘关系较近.此外,在合作猪IFN-ε基因CDS上共发现3个碱基突变,均为错义突变.氨基酸序列分析表明,合作猪IFN-ε蛋白分子式为C1027 H1630 N278 O290 S10,理论分子质量为22.83 ku,等电点(pI)为8.43,属于碱性蛋白;平均亲水系数为-0.240,属于亲水蛋白质;IFN-ε蛋白无跨膜结构,存在信号肽序列,属于分泌型蛋白;IFN-ε蛋白只包含1个超家族保守结构域,即IFab结构域.二级结构分析表明,该蛋白中α-螺旋、无规则卷曲、β-转角和延伸链所占比例分别为61.66％、30.05％、3.11％和5.18％.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王伟	甘肃农业大学动物科学技术学院	10	11	2.0	3.0
2	滚双宝	甘肃农业大学动物科学技术学院	82	391	12.0	15.0
6	谢开会	甘肃农业大学动物科学技术学院	3	0	0.0	0.0
7	闫尊强	甘肃农业大学动物科学技术学院	5	19	1.0	4.0
8	杨巧丽	甘肃农业大学动物科学技术学院	15	74	5.0	8.0
9	杨姣姣	甘肃农业大学动物科学技术学院	3	3	1.0	1.0