大型基因组亲缘矩阵求逆算法的优化研究

• 作者: 周洁 唐国庆 徐旭 曾仰双 曾维俊 杨天瑞 程郁斐 经佩齐 龙贤达
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 基因组选择 矩阵求逆 分块迭代求逆
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 1804-1810
• 页数: 7页
• 分类号: S828.2
• 字数: 3532字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2020.08.004

摘要

基因组选择常用的评估方法GBLUP和ssGBLUP都涉及到基因组亲缘矩阵的求逆,而大规模矩阵求逆运算非常耗时.本研究以提高大型基因组亲缘矩阵求逆运算的效率为目的.本研究通过真实数据和模拟数据构建基因组亲缘矩阵,引入Intel MKL矩阵函数,以减少迭代次数(方法1)和重复分块(方法2)两种方式改良分块迭代求逆算法,编程实现算法并在台式电脑和服务器上测试计算时间.结果表明,利用方法1计算4000×4000的基因组亲缘矩阵逆矩阵时,与MKL库函数的加速比为0.898.而16000×16000矩阵的计算速度为MKL库函数的1.006倍.利用方法2计算4000×4000矩阵的运算速度是M K L库函数的1.084倍;而在更大型的128000×128000基因组亲缘矩阵求逆运算时,该方法与MKL直接求逆函数的加速比为1.805倍.相比于MKL直接求逆函数,改进后的两种方法在效率上有一定程度的提升.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	唐国庆		16	81	4.0	8.0
2	曾仰双		22	24	2.0	3.0
3	徐旭		8	13	3.0	3.0
4	周洁		4	2	1.0	1.0
5	曾维俊		1	0	0.0	0.0
6	杨天瑞		1	0	0.0	0.0
7	程郁斐		1	0	0.0	0.0
8	龙贤达		1	0	0.0	0.0
9	经佩齐		1	0	0.0	0.0