霍乱弧菌O1血清群El Tor产毒株重组特征分析

• 作者: 卢昕 李臻鹏 逄波 阚飙
• 来源期刊: 中华预防医学杂志
• 关键词: 弧菌,霍乱 基因组 染色体 基因重组
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 301-305
• 页数: 5页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0253-9624.2020.03.012

摘要

目的 分析霍乱弧菌O1血清群El Tor产毒株基因组的重组特征.方法 在美国国立生物技术信息中心数据库中,选取分离时间从1937-2015年的292株霍乱弧菌O1血清群El Tor菌株完成图序列或草图序列,以菌株N16961的基因组序列为参照,使用snippy软件获得菌株的全基因组比对信息,利用ClonalFrameML软件对数据进行重组分析,比较大小染色体间重组数目及重组区域总长度的差异,以及不同分离地区菌株的基因组重组片段数目和总长度的差异.使用KOBAS分析工具对重组热点基因进行基因本体富集分析.结果 292株霍乱弧菌菌株中,发生基因重组163株(55.8％);其中,归一化处理的小染色体重组片段数目M(P25,P75)为4.7×10-6(9.3×10-7,2.0×10-5),大于大染色体[2.4×10-6(3.4×10-7,5.7×10-6)](P＜0.001);小染色体重组区域占小染色体长度的比例M(P5,P75) 7.1％× 10-5(3.7％× 10-6,4.8％× 10-4),大于大染色体[2.2％×10-5(2.4％× 10-6,8.4％× 10-5)] (P＜0.001).分离自非洲、亚洲、欧洲、北美洲和南美洲的菌株重组片段数目M(P25,P75)分别为23(1.0,33.0)、1.0(0.0,34.0)、6.0(2.0,13.0)、0.0(0.0,1.0)和29.5(6.8,56.8) (P＜0.001);分离自各大洲的菌株重组区域总长度M(P25,P75)分别为233.0(4.0,461.0)、11.0 (0.0,695.5)、56.0 (4.0,111.0)、0.0 (0.0,9.0)和347.5(132.8,1 323.5) bp(P＜0.001).富集分析结果显示,62个重组热点编码基因的功能主要集中在趋化、趋性、对外界刺激的反应、受体活性和分子转导活性.结论 霍乱弧菌El Tor大小染色体的重组片段数目及区域长度存在差别,不同大洲菌株重组片段数目及重组区域总长度不同.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	阚飙	中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室	120	614	11.0	19.0
2	逄波	中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室	18	109	4.0	10.0
3	卢昕	中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室	12	17	2.0	3.0
4	李臻鹏	中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室	2	0	0.0	0.0