静脉桥模型大鼠在血管重塑过程中与失效有关的长链非编码RNA的筛选

• 作者: 卢晨 古君 张洪伟 张煜 沈嘉渝 胡佳
• 来源期刊: 四川大学学报（医学版）
• 关键词: 高通量测序 长链非编码RNA mRNA 静脉桥失效
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 809-816
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.12182/20201160601

摘要

目的 本研究旨在利用高通量测序技术分析长链非编码RNA(lncRNA)在大鼠自体静脉桥中的时间差异性表达,筛选出与静脉桥失效具有显著相关性的lncRNA.方法 根据不同采样时间点将12只雄性SD大鼠随机分为4组(分别为0 d、术后7 d、术后14 d、术后28 d组,每组3只).其中以0 d组为对照组,其余3组为实验组(实验组大鼠制备颈外静脉-颈动脉旁路模型).对静脉移植物样本进行高通量测序,并利用实时定量PCR(RT-qPCR)进行样本验证.通过识别在不同时间点差异表达的lncRNA及基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,对lncRNA-mRNA对进行功能预测,筛选出在静脉移植物管腔再狭窄过程中可能发挥潜在作用的lncRNA,并用RT-qPCR进行样本验证.结果 高通量测序共获得了2572个静脉移植术后持续差异表达的lncRNA,同对照组(0 d)相比,分别在术后7、14、28 d差异表达程度前十位的lncRNA在文中列出.基于GO富集分析及KEGG通路分析结果,我们制定了以下筛选标准筛选出可能在冠脉动脉旁路移植术后移植物失效过程中发挥潜在关键作用的lncRNA-mRNA:①参与上述生物学过程或信号通路;②lncRNA可调节靶向mRNA转录;③既往已有报道靶向mRNA在血管病变过程中发挥作用;④lncRNA和mRNA均有显著性差异表达.最终筛选出包括MRAK083052-Nrp1在内的15对在静脉移植物管腔再狭窄过程中可能发挥潜在作用的lncRNA-mRNA.RT-qPCR结果与高通量测序结果一致.结论 本研究发现大鼠静脉桥管腔再狭窄过程中lncRNA的表达变化情况与时间具有相关性.筛选并验证了15对在静脉移植物管腔再狭窄过程中可能发挥重要作用的lncRNA-mRNA.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	胡佳		45	153	7.0	11.0
2	张洪伟		57	513	15.0	20.0
3	张煜		6	1	1.0	1.0
4	古君		16	22	3.0	4.0
5	沈嘉渝		5	3	1.0	1.0
6	卢晨		4	2	1.0	1.0