影响山羊产羔数lncRNA的筛选及功能分析

• 作者: 刘德武 李耀坤 柳广斌 练志全 许香萍 赵智锋 邓铭 邹娴 陆婷婷
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 川中黑山羊 产羔数 卵巢 高通量测序
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 生物技术与繁殖
• 页码范围: 1853-1865
• 页数: 13页
• 分类号: S827.3
• 字数: 7549字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2020.08.009

摘要

旨在分析高、低繁殖力川中黑山羊卵巢组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,探讨lncRNA与山羊生殖调控的关系,为解释lncRNA在山羊繁殖调控中的分子机制提供理论依据.本研究选择3胎以上的10头健康川中母羊(3.5～4.5岁),将其分为高繁组和低繁组.高繁组为每胎产羔数在2头以上的母羊(n=6),低繁组为每胎产羔数为1头的母羊(n=4).同期发情后,采集高繁和低繁山羊的卵巢样品,并从中提取总RNA构建测序文库,通过HigSeq X ten平台进行测序,筛选出差异lncRNAs,通过对差异显著的lncRNAs与mRNAs位置关系以及结合能的判定预测顺式作用的靶基因,并对其进行GO和KEGG通路分析.最后,随机抽取6个差异lncRNAs进行实时荧光定量验证.结果表明,本研究共鉴定出168个差异表达lncRNAs,其中,163个lncRNAs在高繁组卵巢显著上调,5个lncRNAs在低繁组卵巢显著上调.筛选出的差异表达lncRNAs可能为调控山羊繁殖力的候选lncRNAs,包括ENSCHIG00000001479、ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622等.这些候选lncRNAs的靶基因(MYC、CDH2、FGF9、PPARGC1A等)主要富集于Jak-STAT、细胞黏附分子及AMPK等信号通路,ENSCHIG00000001479的靶基因MYC参与了Jak-STAT、TGF-β和MAPK通路;ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622的靶基因CD H2参与了细胞黏附分子通路.通过qRT-PCR验证发现,定量结果与测序结果基本一致.研究结果推断,ENSCHIG00000001479、ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622等lncRNAs可能对山羊生殖发育过程中的卵巢发育及排卵等进程具有重要的调控作用,认为鉴定出的差异表达lncRN A s与山羊产羔数有关.本研究利用RNA-Seq技术筛选高、低繁殖力山羊的差异表达lncRNAs,并对其进行GO和KEGG功能分析,为探讨山羊产羔数的繁殖机制提供更完善的转录组数据.