板栗PPO基因家族鉴定及生物信息学分析

• 作者: 兰彦平 曹庆昌 程丽莉 程运河 胡广隆
• 来源期刊: 果树学报
• 学科: 农学
• 关键词: 板栗 果实 PPO基因家族 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（9）
• 所属期刊栏目: 种质资源·遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 1305-1313
• 页数: 9页
• 分类号: S664.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20190525

摘要

[目的]褐变过程与多酚氧化酶(Polyphenol oxidases,PPO)密切相关,通过板栗PPO基因家族鉴定及生物信息学分析,为深入阐明PPO蛋白质的功能提供依据.[方法]从最新发布的板栗基因组数据库中鉴定到3个PPO基因:CmPPO1 (BUA.CMHB Y222345)、CmPPO2(BUA.CMHB Y216654)、CmPPO3(BUA.CMHBY216989),并利用生物信息学方法,对其序列和基因编码蛋白的理化性质、结构功能等进行预测.[结果](1)3个基因的CDS全长分别是1 794、1 809和1 809 bp,分别编码氨基酸序列597、602和602aa,属于亲水酸性蛋白质,不存在跨膜区,为非分泌蛋白.(2)CmPPOs蛋白酶的二级结构无规则卷曲比例最高,三级空间结构模型分析与蔷薇科苹果酪氨酸酶结构(MdPPO1)序列同源性超过70％.(3)对苹果、马铃薯和板栗3个易褐变物种的23个PPO基因编码蛋白进行多序列比对和保守结构域分析,明确板栗PPO和蔷薇科苹果有较高同源性.(4)对不同品种板栗仁中的PPO基因进行表达分析,只检测到CmPPO1,且表达量与酶活性相关性不显著,表明板栗仁中PPO活性不能直接影响褐变程度,不同品种褐变程度与PPO表达量呈显著相关.[结论]板栗PPO基因家族3个成员中,不同品种CmPPO1表达量与果实受热褐变程度呈显著相关.本研究为板栗抗褐变育种提供了新的基因资源,但鉴于PPO存在同工酶,表达调控机制比较复杂,特异表达和时空差异性有待进一步研究.