基于转录组数据的溪红点鲑微卫星标记筛选及引进群体遗传结构

• 作者: 党红阳 匡友谊 孙志鹏 孙效文 曹顶臣 白庆利 郑先虎 鲁翠云
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 溪红点鲑 转录组 微卫星标记 引进群体 遗传结构
• 年，卷（期）: 2020,（10）
• 页码范围: 1599-1608
• 页数: 10页
• 分类号: S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20190911952

摘要

为了深入了解引进溪红点鲑种质遗传结构状况,本研究利用溪红点鲑转录组数据设计四核苷酸重复微卫星引物1081对,选择其中200对进行引物合成,经过筛选鉴定共获得111个特异性好且扩增效率高的微卫星标记,用其中27个多态性标记比较分析了溪红点鲑引进群体和养殖群体的遗传多样性.结果显示,27个微卫星位点在2个群体中共检测到171个等位基因,多态性信息含量(PIC)为0.4260～0.8774,平均为0.6731,其中23个位点高度多态(PIC≥0.5).引进群体和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为5.5556和4.4444;平均有效等位基因数(Ne)分别为3.9145和3.1082;平均观测杂合度(Ho)分别为0.3562和0.2650;平均期望杂合度(He)分别为0.7002和0.6210;平均PIC分别为0.6409和0.5555.引进群体和养殖群体的遗传参数t检验结果显示,养殖群体的5项遗传多样性参数均显著或极显著低于引进群体,表明尽管溪红点鲑养殖群体的PIC仍处于高度多态水平(PIC≥0.5),但是经过多代群体自繁,已经出现等位基因严重富集的现象.经Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验显示,在引进群体和养殖群体中分别有8个和4个位点尚未偏离平衡,且多数位点表现为杂合子缺失.2个群体间具有高度遗传分化(Fst=0.1642),遗传相似系数为0.5822,遗传距离为0.5409,表明引进和养殖溪红点鲑群体间存在显著遗传分化.