生物信息学预测类风湿关节炎核心基因与互作miRNA

• 作者: 丁晓 孟德峰 王梦雨 王维山 王超 郝颖
• 来源期刊: 安徽医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 类风湿关节炎 生物信息学 蛋白互作网 核心基因 微小核糖核酸
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 基础医学研究
• 页码范围: 228-234
• 页数: 7页
• 分类号: R684.3
• 字数: 3776字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2020.02.014

摘要

目的 通过生物信息学分析筛选类风湿性关节炎(RA)滑膜炎中相关的核心差异基因与相互作用的微小核糖核酸(miRNA).方法 通过GEO数据库下载基因芯片GSE55235,通过R语言3.5.0筛选出差异表达基因,并通过David在线数据库进行功能富集分析.应用String 10.5、Cytoscape v3.6.1和MCODE插件建立蛋白相互作用网络,筛选出RA发生过程中的核心基因.通过CyTargetLinker预测与核心基因互作的miRNA.结果 筛选出605个差异表达基因,其中上调314个,下调291个.其功能主要富集于免疫反应和细胞大分子生物合成和结合等过程.蛋白相互作用网络共有552个节点和5 163条边,筛选出了前4的作用模块和10个核心基因:蛋白酪氨酸磷酸酶受体C型(PTPRC)、血管内皮生长因子α(VEGFα)、纤连蛋白1基因(FN1)、整合素亚基M(ITGAM)、表皮生长因子(EGFR)、CD86、基质金属蛋白酶9(MMP9)、整合素亚基β32(ITGB2)、TYRO蛋白酪氨酸激酶结合蛋白(TYROBP)和MYC.并预测了36个miRNA可与其中3个核心基因靶向性相互作用.结论 筛选出的核心基因与相互作用的miRNA可能成为RA潜在治疗的靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王维山	石河子大学医学院	61	346	11.0	16.0
2	王超	石河子大学医学院	21	59	4.0	6.0
3	孟德峰	石河子大学医学院	5	7	1.0	2.0
4	王梦雨	石河子大学医学院	4	5	1.0	2.0
5	丁晓	石河子大学医学院	1	0	0.0	0.0
6	郝颖	石河子大学医学院	1	0	0.0	0.0