基于RNA-Seq挖掘玫瑰冠鸡与科宝鸡胚胎期胸肌组织差异表达基因

• 作者: 任嵩 孙杰 廖和荣 张蕾 杨娴婧
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 玫瑰冠鸡 科宝鸡 胚胎期 胸肌 差异表达基因 RNA-Seq
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 畜牧兽医·水产养殖
• 页码范围: 1237-1246
• 页数: 10页
• 分类号: S831.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2020.05.022

摘要

本研究旨在挖掘玫瑰冠鸡与科宝鸡胚胎期胸肌组织中差异表达基因,探讨2种鸡肌肉发育及肌内脂肪(IMF)沉积的分子遗传机理.本研究利用RNA-Seq技术对玫瑰冠鸡和科宝鸡胚胎期胸肌组织中差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)进行筛选,通过GO富集和KEGG数据库对DEGs的功能进行注释与分析.结果显示:4个文库共鉴定到4643个差异表达基因,其中玫瑰冠公鸡胸肌和科宝公鸡胸肌中有1909个显著表达的基因,以科宝鸡为参照,929个上调,980个下调;玫瑰冠母鸡胸肌和科宝母鸡胸肌中有2734个显著表达的基因,其中1444个上调,1290个下调.经荧光定量PCR验证,选取的12个差异基因的表达趋势与测序结果一致.GO富集结果表明,MYL2调控骨骼肌的生长发育,MYOG参与肌细胞的形成与分化;ACACA、ACOX2和ACOX3参与脂肪酸代谢过程;Notch1参与了胚胎发育及脂肪分化相关过程.此外,KEGG通路分析结果显示,能量代谢相关的信号通路(mTOR)与肌肉发育相关的信号通路相互作用影响肌纤维的发育.细胞连接相关通路(局部粘附、ECM-受体互作)参与了肌肉脂肪代谢过程.本研究结果为进一步解析鸡优质肉质性状相关的遗传机制奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	廖和荣		47	261	9.0	13.0
2	孙杰		71	385	10.0	16.0
3	张蕾		15	17	1.0	3.0
4	任嵩		2	0	0.0	0.0
5	杨娴婧		1	0	0.0	0.0