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浙江省湖州市诺如病毒GⅡ.17型变异株的全基因组序列分析
浙江省湖州市诺如病毒GⅡ.17型变异株的全基因组序列分析
作者:
吴晓芳
徐德顺
纪蕾
陈莉萍
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
诺如病毒
GⅡ.17型
全基因组
摘要:
目的 分析浙江省湖州市检出的诺如病毒GⅡ.17型变异株的基因序列和系统发育与进化关系,为国内诺如病毒的遗传进化研究提供序列参考.方法 根据GⅡ.17型诺如病毒保守序列,自行设计3对引物,扩增覆盖整个基因组的3个重叠片段,对来自急性胃肠炎病例的一株诺如病毒GⅡ.17型毒株进行全基因序列测定和系统发育和进化分析.结果 在2015年3月湖州市急性胃肠炎病例标本中分离鉴定出一株诺如病毒株GⅡ.17[P17]变异株(毒株编号:NS15217),获得该病毒基因组全长7556bp,编码3个开放阅读框(ORF),ORF1长5109 bp(5~5113 nt);ORF2长1623 bp(5094~6716 nt);ORF3长780bp(6716~7495 nt).湖州NS15217毒株在ORF1和ORF2中均属于GⅡ.17型基因型,且与LC037415.1/Hu/GⅡ.17/Kawasaki308和湖州MG692610毒株最接近.在VP1结构域中有106个插入/缺失/替换的残基,13个(12.3%)在S区,30个(28.3%)位于P1区;大多数替换和插入是位于P2域,有63个氨基酸(59.4%).结论 湖州地区2015年分离的诺如病毒GⅡ.17型变异株进化分支属于3b簇.其全基因组序列将有助于诺如病毒的遗传进化研究以及快速诊断试剂的研制.
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文献信息
篇名
浙江省湖州市诺如病毒GⅡ.17型变异株的全基因组序列分析
来源期刊
疾病监测
学科
医学
关键词
诺如病毒
GⅡ.17型
全基因组
年,卷(期)
2020,(10)
所属期刊栏目
传染病监测
研究方向
页码范围
920-925
页数
6页
分类号
R211|R512.5
字数
语种
中文
DOI
10.3784/j.issn.1003-9961.2020.10.012
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
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1
徐德顺
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纪蕾
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3
吴晓芳
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4
陈莉萍
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传播情况
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诺如病毒
GⅡ.17型
全基因组
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
疾病监测
主办单位:
中国疾病预防控制中心
出版周期:
月刊
ISSN:
1003-9961
CN:
11-2928/R
开本:
大16开
出版地:
北京昌平区昌百路155号
邮发代号:
创刊时间:
1986
语种:
chi
出版文献量(篇)
6520
总下载数(次)
5
总被引数(次)
38715
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