lncRNA基因芯片技术筛选膝骨性关节炎差异性基因表达的初步研究

• 作者: 刘振峰 孟庆才 方锐 王振斌
• 来源期刊: 新疆医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 膝骨性关节炎 lncRNA 差异基因
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 基础医学研究
• 页码范围: 707-710,716
• 页数: 5页
• 分类号: R684.3
• 字数: 3379字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-5551.2020.06.006

摘要

目的 利用基因芯片技术初步筛选膝骨性关节炎(KOA)差异表达的lncRNA,并分析其生物学功能及相关的代谢通路.方法 收集新疆医科大学第四附属医院骨科住院患者(KOA组)以及同期健康体检者(对照组),各15例,采用lncRNA基因芯片对两组观察对象的外周静脉血样本进行检测,借助Feature Extraction软件、Genespring软件处理图像和进行相关数据提取,将筛选出的差异基因进行基因本体(GO)功能分析、基因组面科全书(KEGG)通路富集分析及非监督层次聚类等高级分析,构建lncRNAs和mRNAs的共表达网络,最终确定差异基因和差异lncRNA及其相关的生物学功能和信号通路.结果 通过基因芯片在KOA组与正常对照组之间筛选出具有差异性mRNA表达总数为840个(约占总差异基因总数的44％),其中上调的mRNA个数为160个(约占差异性mR-NA数量的19％),下调的mRNA个数为680个(约占差异性mRNA数量的81％);两组之间具有差异性的lncRNA为1063个(约占总差异基因总数的56％),其中上调的差异性lncRNA为290个(约占差异性lncRNA数量的27％),下调的差异性lncRNA为773个(约占差异性lncRNA数量的73％).GO分析结果显示差异表达的lncRNAs主要参与金属离子结合、细胞组分、蛋白结合等;KEGG分析结果显示主要参与的通路有Wnt通路、细胞粘附分子(CAMs)、NF-κB信号通路等.结论 通过基因芯片技术筛选出差异性mRNA表达总数为840个,差异性的lncRNA为1063个,在靶基因预测结果显示可能有2条lncRNAs(lncRNAs MEG3、lncRNAs CIR)参与了KOA的发病,此次研究结果可为今后该病机制的研究与靶向治疗研究提供一定参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王振斌	新疆医科大学第四附属医院骨科	37	161	8.0	11.0
2	孟庆才	新疆医科大学第四附属医院骨科	45	196	9.0	12.0
3	方锐	新疆医科大学第四附属医院骨科	59	266	9.0	12.0
4	刘振峰	新疆医科大学第四附属医院骨科	16	59	5.0	7.0