牛体内囊胚全转录组模式解析

• 作者: 庞云渭 张培培 朱化彬 权国波 杜卫华 王晶晶 赵善江 赵学明 邹惠影 郝海生
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牛体内囊胚 mRNA lncRNA circRNA
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 生物技术与繁殖
• 页码范围: 1271-1280
• 页数: 10页
• 分类号: S823.3
• 字数: 5522字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2020.06.011

摘要

旨在解析牛体内囊胚的全转录组模式.本研究选择3头15月龄以上、健康状况良好的泌乳奶牛,采用超排获得体内囊胚,采用单细胞全转录组测序技术检测囊胚mRNA、IncRNA、circRNA转录模式,并采用生物信息学工具对其进行分析.试验获得牛体内囊胚约19 975个mRNAs、12 715个novel lncRNAs及887个circRNAs.mRNA有12种可变剪切方法,以转录起始区域可变剪切(TSS)为主.采用基因本体(GO)和相关信号通路(KEGG)对其分析发现,生物功能主要富集在新陈代谢、细胞膜和蛋白结合、细胞通讯、细胞组织成分、生长发育等功能,Pathway主要富集在细胞周期、膜运输、染色体组织调控等通路;circRNA有6种类型,其中CLASSIC类型circRNA数量最多,这种剪切方式会形成成环的外显子circRNA(EcircRNA).本研究阐明了牛体内囊胚的全转录组模式,为全面了解牛体内囊胚提供了新的思路.