基于TCGA数据库的肾癌自噬相关基因预后模型的建立与应用

• 作者: 任伟 孙羿 段万里 程永毅 邓骞
• 来源期刊: 现代泌尿外科杂志
• 关键词: 肾细胞癌 预后 自噬基因 TCGA数据库 Cox比例回归模型
• 年，卷（期）: 2020,（10）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 870-875,889
• 页数: 7页
• 分类号: R737.25
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-8291.2020.10.003

摘要

目的 利用TCGA数据库建立预测肾透明细胞癌预后的自噬相关基因预后模型,分析自噬相关基因预后模型与肾透明细胞癌各临床病理特征之间的关系.方法 通过R语言软件筛选出TCGA数据库中肾透明细胞癌样本及正常样本中差异表达的自噬相关基因,Cox比例风险回归模型从中筛选和建立多基因预后模型,计算预后评分.根据预后评分的中位数将患者分为高风险组和低风险组.利用K ap lan-Meier生存曲线分析高风险组及低风险组生存差异.将临床病理因素和预后评分因素纳入Co x回归模型分析肾透明细胞癌患者的生存影响因素.根据临床病理因素与肾癌自噬相关基因预后模型预后评分的相关性,验证多基因模型对肾透明细胞癌患者中的预后价值.结果 共筛选出8个差异基因(BNIP3、ATG16L2、CASP4、RGS19、EIF4EBP1、CX3CL1、SPHK1、BID)建立肾癌自噬相关基因预后模型.预后风险评分(RS)公式为:RS=0.274×ATG16L2的表达量-0.294×BNIP3的表达量+0.415×CASP4的表达量-0.424×RGS19的表达量+0.238×EIF4EBP1的表达量-0.199×CX3CL1的表达量+0.172×SPHK1的表达量+0.704×BID的表达量.Kaplan-Meier生存分析证实,在总体肾透明细胞癌患者中,预后评分低风险的患者总体生存率明显升高,差异有统计学意义(P<0.001).Co x回归分析显示,年龄和自噬相关基因预后模型是肾透明细胞癌患者预后的独立影响因素(P<0.01).结论 肾癌自噬相关基因预后模型可用于预测肾透明细胞癌患者的预后,有利于进一步指导临床治疗.