猪流行性腹泻病毒河南分离株全基因扩增及序列分析

• 作者: 李岚 李晓成 杨春艳 段纲 谢琳娟
• 来源期刊: 畜牧与兽医
• 学科: 农学
• 关键词: 猪流行性腹泻 基因 序列 RT-PCR 分子流行病学
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 预防兽医
• 页码范围: 91-96
• 页数: 6页
• 分类号: S855.3
• 语种: 中文

摘要

为进一步了解我国猪流行性腹泻病毒(PEDV)的分子流行病学特征,从阳性病料中分离得到1株河南毒株(命名为HeN17-2011),设计13对引物,对分离株HeN17-2011的基因序列进行RT-PCR扩增和全基因组3'Race、5'Race扩增,通过产物回收、转化和测序,经生物软件拼接,成功获得其全基因序列,并与近十几年的流行毒株进行了序列比对分析.结果 显示:分离株HeN17-2011基因组全长为28 038 bp(不含polyA尾),基因组结构为5'UTR-ORF1-S-ORF3-E-M-N-3'UTR,与PEDV基因组的结构特征相符;通过与GenBank中已发表的国内外毒株ZJCZ4、CV777、DR13等26株PEDV序列进行比对发现,HeN17-2011与NW8的同源性最高为99.4％,与标准株CV777、韩国毒株DR13(JQ023161.1)和DR13 (JQ023162.1)、美国毒株Illinois261、意大利毒株PEDV-1842-2016-ITA的同源性分别为96.9％,97.7％和97.3％,99.2％,98.7％,与SD-M的同源性最低为96.4％;PEDV分离株HeN17-2011与标准株CV777、韩国毒株DR13处于不同的分支上,遗传关系较远,属变异毒株,但与我国的流行毒株CH-SCZY103-2017、NW8等遗传关系较近;通过对全基因组序列分析发现,我国PEDV流行株在ORF1b、ORF3、E基因、M基因和N基因上的长度是保守的,它们虽然均存在点突变,但没有碱基的插入和缺失,我国流行株基因组长度变化主要与5'UTR、ORF1a、S基因、ORF3和3'UTR的碱基插入、缺失密切相关.