敲除ARID1A对人肝癌细胞系PLC/PRF/5基因表达调控的影响

• 作者: 梁俊波 王晓月 王町町
• 来源期刊: 基础医学与临床
• 学科: 生物学
• 关键词: ARID1A CRISPR 全转录组测序 人肝癌细胞系PLC/PRF/5
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 501-505
• 页数: 5页
• 分类号: Q75
• 字数: 2337字
• 语种: 中文

摘要

目的 探讨肝癌细胞系PLC/PRF/5中敲除ARID1A后对基因表达调控的影响.方法 利用CRISPR-Cas9基因编辑技术敲除PLC/PRF/5细胞中ARID1A.然后分别对PLC/PRF/5 ARID1A野生型与敲除型细胞进行全转录组测序分析(RNA-seq),并用DESeq2鉴定ARID1A敲除后差异表达基因.最后,使用Metascape数据库对差异表达基因进行GO功能富集分析.结果 成功构建PLC/PRF/5 ARID1A敲除细胞系.利用RNA-seq共筛选出978个差异表达基因,包括480个表达上调差异基因和498个表达下调差异基因.GO功能富集分析显示差异表达基因主要集中在细胞黏附、激素水平调节、激素代谢和MAP激酶活性调节等生物学过程.结论 PLC/PRF/5肝癌细胞中,ARID1A可调控大量基因的表达,为进一步研究ARID1A在肝癌发生发展中的作用机制提供了新的线索.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王晓月	中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系	4	4	1.0	1.0
2	梁俊波	中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系	3	1	1.0	1.0
3	王町町	中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系	1	0	0.0	0.0