全基因组选择信号揭示绒山羊绒毛性状相关的候选基因

• 作者: 储明星 卢曾奎 权凯 狄冉 王慧华 费晓娟 金美林 陆健 魏彩虹
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 内蒙古绒山羊 辽宁绒山羊 Fst XP-EHH
• 年，卷（期）: 2020,（12）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 2991-3000
• 页数: 10页
• 分类号: S827.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2020.12.009

摘要

旨在对辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊的基因组选择信号进行筛选.本研究利用Illumina 50K的山羊芯片,对内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和黄淮山羊进行基因型检测,质控后获得50010个共同SNPs位点.通过群体分化系数Fst和XP-EHH,以黄淮山羊为参考群体分别对内蒙古绒山羊和辽宁绒山羊进行选择信号检测,Fst和XP-EHH值的top 5％ 作为阈值.结果,利用Fst在绒山羊基因组中筛选到501个候选基因,利用XP-EHH在绒山羊基因组中筛选到145个候选基因.其中有12个SNPs在绒山羊基因组中受到较强选择.通过基因注释筛选到21个候选基因,包括EXOC4、ASIC2、PCDH9、RHBDD1、IRS1和PDE10A等.这些基因主要富集在PI3K-Akt信号通路、蛋白质消化吸收和松弛素信号通路等.研究结果发现,绒山羊在驯化过程中其基因组很多与毛囊相关的基因受到了强烈的选择.这些发现也有助于更好地了解绒山羊的选择进展,为中国绒山羊品种的种质资源保护和利用提供重要参考.