WGCNA鉴定奶山羊妊娠至泌乳期乳腺发育关键基因

• 作者: 郑惠玲 高慧杰
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 加权基因共表达网络分析 乳腺发育 妊娠期 泌乳期 山羊
• 年，卷（期）: 2020,（11）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 2679-2688
• 页数: 10页
• 分类号: S827.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2020.11.007

摘要

旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选奶山羊不同生理阶段乳腺发育的关键基因.本研究从G EO数据库中下载奶山羊不同生理阶段(妊娠46天、70天、90天、110天和产后40天)的乳腺组织微阵列数据集GSE14008,使用R语言的WGCNA包对数据进行共表达分析.将得到的模块与生理阶段进行关联分析,选择目标模块,并根据连接度选出枢纽基因.使用DAVID网站对模块进行富集分析后,使用String网站构建模块的蛋白互作网络,并使用Cytoscape软件得到核心基因,最终与枢纽基因取交集得到目标基因.对18个样本的8443个基因进行加权基因共表达分析,得到30个模块,并选出4个与不同生理阶段相关的目标模块及每个模块的30个枢纽基因,同时也得到4个模块的蛋白互作网络及每个网络的20个核心基因.最终,4个模块共得到13个与乳腺发育相关的目标基因(UQCR、RGL2、NOTCH1、PTBP1、PPP5C、FZR1、UBE2L3、TNF、MAT2A、ITGB2、GPR18、JAK1、CSN2).本研究通过WGCNA、GO富集分析和PPI网络等生物信息学技术,阐明了不同生理时期乳腺发育的关键过程,及在这些过程中起关键作用的基因,这为进一步研究乳腺发育机制提供了新的思路和线索.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑惠玲		28	83	5.0	8.0
2	高慧杰		1	0	0.0	0.0