基于生物信息学分析的子宫内膜异位症miRNA-mRNA调控网络的初步构建

• 作者: 周雨馨 姜丽 方小玲 曹乐 王思雪 章蒙蒙
• 来源期刊: 中国现代医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 子宫内膜异位症 miRNA 基因芯片 差异表达基因 调控网络
• 年，卷（期）: 2020,（9）
• 所属期刊栏目: 基础研究·论著
• 页码范围: 1-7
• 页数: 7页
• 分类号: R711.71
• 字数: 5109字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-8982.2020.09.001

摘要

目的 用生物信息学分析方法初步构建子宫内膜异位症miRNA-mRNA的调控网络,探索其在子宫内膜异位症中的分子调控机制.方法 从GEO下载数据集GSE7305,使用R语言软件对其进行差异表达基因分析.使用DAVID在线网站对获得的差异表达基因进行基因功能和KEGG信号通路富集分析.通过HMDD v3.0精准查询与子宫内膜异位症相关且经过验证(≥2次)的miRNA,并使用miRwalk 2.0数据库预测其靶基因.将预测的靶基因和GSE7305中的差异表达基因求得交集,获得miRNA和mRNA相互作用关系对.在Cytoscape v3.6.1中绘制miRNA-mRNA调控网络图,并运用CytoHubba插件进行核心mRNA及miRNA的筛选,构建相应的子网络.结果 从GSE7305中共获得655个差异表达基因,其主要富集于补体信号通路、p53信号通路、细胞黏附相关信号通路中.成功构建子宫内膜异位症miRNA-mRNA分子调控网络,并筛选出核心mRNA和miRNA : hsa-miR-20a-5p、hsa-miR-141-3p、hsa-miR-200b-3p、hsa-miR-449b-3p属于高频下调表达的miRNA,且均可靶向作用于GATA6 ;高频上调表达的hsa-miR-125-5p可同时作用于PGR、ESR1,并下调两者表达水平.结论 通过基因芯片分析和数据库挖掘方法构建miRNA-mRNA调控网络,为研究子宫内膜异位症发病机制、探索联合miRNA及其靶基因作为临床诊断标志物提供可靠的研究方向.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	方小玲	中南大学湘雅二医院妇产科	98	460	12.0	16.0
2	章蒙蒙	中南大学湘雅二医院妇产科	3	1	1.0	1.0
3	姜丽	中南大学湘雅二医院妇产科	1	0	0.0	0.0
4	王思雪	中南大学湘雅二医院妇产科	3	0	0.0	0.0
5	曹乐	中南大学湘雅二医院妇产科	2	0	0.0	0.0
6	周雨馨	中南大学湘雅二医院妇产科	1	0	0.0	0.0