人丝裂原活化蛋白激酶相关蛋白1在肝细胞癌中转录调控的生物信息学分析

• 作者: 张玲玲 曹辉 杨菁 白班俊 许钟 钟竹
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: MAPKAP1基因 转录因子 mTOR蛋白 生物信息学 肝细胞癌
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 6-9
• 页数: 4页
• 分类号: R735.7
• 字数: 2995字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2020.02.002

摘要

目的 利用生物信息学技术分析及预测人丝裂原活化蛋白激酶相关蛋白1(MAPKAP1)基因表达有关的转录调控机制,为深入研究人MAPKAP1基因与肝癌的关系提供基础.方法 从美国国家生物技术信息中心在线核苷酸数据库(Gene Bank)检索人MAPKAP1基因,获得其基因启动子区序列;通过在线软件预测分析启动子区转录因子结合位点,应用在线基因数据库Liveratlas提取肝癌组织中表达上调的基因,取交集获得目标转录因子.通过TCGA数据库提取筛选出的转录因子与MAPKAP1的肝癌基因芯片表达结果 ,采用GraphPad Prism 5统计软件行相关性分析.结果人MAPKAP1基因在肝脏及肝癌中转录本全长1689 bp,位于转录起始位点-1470 bp至+218 bp.取交集获得目标转录因子共有13个,即C/EBP、CNBP、CTCF、DBP、IRF2、LEF1、NF1、NFKB1、PAX8、SMAD4、Sp3、SRF、YY1.相关性分析显示,转录因子C/EBP、DBP、LEF1与MAPKAP1表达呈正相关(r分别为0.1513、0.2356、0.1553,P均﹤0.01),CNBP、CTCF、IRF2、NF1、NFKB1、PAX8、SMAD4、Sp3、SRF、YY1与MAP-KAP1表达无明显相关(P均﹥0.05).结论 通过生物信息学技术分析及预测,在人肝癌中C/EBP、DBP、LEF1与MAPKAP1表达呈正相关,这些转录因子可能参与MAPKAP1基因表达的转录调控.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张玲玲		8	84	5.0	8.0
2	曹辉		3	0	0.0	0.0
3	白班俊		2	0	0.0	0.0
4	钟竹		1	0	0.0	0.0
5	杨菁		1	0	0.0	0.0
6	许钟		2	0	0.0	0.0