基于网络药理学和分子对接技术探讨白术治疗溃疡性结肠炎的潜在分子机制

• 作者: 周燕红 康显杰 朱燕 来平凡 杨莹 王海霞
• 来源期刊: 浙江中医药大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 白术 网络药理学 分子对接 溃疡性结肠炎 白术内酯 芹菜素 木犀草素 p53蛋白
• 年，卷（期）: 2020,（9）
• 所属期刊栏目: 中药研究
• 页码范围: 916-923,928
• 页数: 9页
• 分类号: R282
• 语种: 中文
• DOI: 10.16466/j.issn1005-5509.2020.09.019

摘要

[目的]通过网络药理学方法探讨白术治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的潜在分子生物学机制.[方法]从中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database,TCMSP)等数据库及Pubmed文献数据库中检索并获取与白术相关的活性成分及潜在作用靶点,构建白术活性成分-潜在靶点网络;通过DisGeNET、药物靶标数据库(Therapeutic Target Database,TTD)、GeneCards数据库筛选与UC相关的靶点,利用Venny 2.1软件绘制韦恩图并获取药物及疾病共有靶点;通过Cytoscape软件BisoGenet插件分析得到蛋白互作网络及核心靶点,进一步对核心靶点进行网络拓扑分析,利用DAVID数据库对核心靶点进行富集分析,获得白术治疗UC的潜在基因本体(gene ontology,GO)生物进程及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路.[结果]通过SwissADME数据库,评价各分子结构是否满足Lipinski、Ghose等类药规则,筛选得到白术活性成分11种,白术活性成分主要有白术内酯Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、木犀草素、芹菜素等.由TCMSP、Swiss TargetPrediction数据库筛选出白术活性成分的潜在作用靶点144个,DisGeNET、TTD、GeneCards数据库筛选获得UC相关靶点147个.根据度值(degree)筛选得出白术治疗UC的核心靶点58个,主要涉及p53蛋白、神经生长因子受体酪氨酸激酶A(tyrosine kinase A,TrkA)、雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)、微小染色体维持蛋白2(microchromosomal maintenance protein 2,MCM2)等.设定错误发生率(false discovery rate,FDR)≤0.05,通过GO生物进程富集分析确定了30个条目,主要包括基因沉默调控、 端粒组织、DNA复制依赖性核小体组装、rDNA染色质沉默等.KEGG通路富集结果显示白术治疗UC的潜在通路共48条,主要涉及癌症中的转录失调通路、癌症通路、前列腺癌通路、细胞周期通路等.分子对接结果显示,白术活性成分木犀草素、芹菜素与多个疾病核心靶点蛋白存在潜在结合位点.[结论]白术治疗UC是多成分、多靶点、多途径共同作用的结果,本研究结果为白术的临床应用以及UC相关疾病的基础及临床研究提供了科学依据,同时为新药的研发及应用提供了新思路.