可变串联重复序列分析在辽宁省结核分枝杆菌基因分型中的应用

• 作者: 唐诗邈 何琳 杨立军 梁爽 蒋轶文
• 来源期刊: 中国热带医学
• 学科: 医学
• 关键词: 结核分枝杆菌 可变串联重复序列 标准24位点VNTR
• 年，卷（期）: 2020,（12）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1149-1154
• 页数: 6页
• 分类号: R378.91+1
• 语种: 中文
• DOI: 10.13604/j.cnki.46-1064/r.2020.12.06

摘要

目的 了解辽宁省81例结核分枝杆菌多位点数目可变串联重复序列分析(variable number of tandem repeats,VNTR)的基因多态性及近期传播情况.方法 对2018年辽宁省内送至辽宁省疾病预防控制中心实验室的菌株进行传代后采用对硝基苯甲酸(p-nitrobenzoicacid,PNB)培养基进行菌群鉴定,以区分结核分枝杆菌复合体和非结核分枝杆菌.采用固体比例法利用罗氏培养基对4种一线抗结核药物进行药敏实验.以PCR为基础对标准24位点进行检测分析,利用RD105基因缺失法鉴定北京基因型.利用Microsoft Excel软件进行多态性分析,利用https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index网站得到VNTR基因分型结果,同时进行位点多态性和成簇率的计算.采用SPSS 23.0软件进行数据的统计描述,对计数资料或各年度耐药情况进行x2检验;当理论频数＜5时,采用Fisher确切概率法计算双侧P值,检验水准α=0.05.结果 经分析81株菌株可分为3个基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ),菌株数分别为1(1.23％)、4(4.94％)和76(93.83％),其中最大的基因群为Ⅲ群.成簇率为4.94％(4/81).近期感染率最小估计值为2.47％(2/81).24个VNTR位点中有5个位点的多态性较好,3个位点的多态性尚可,16个位点的多态性较差.结论 初步证实辽宁省耐药结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,其主要流行型为北京基因型(Ⅲ群).