忍冬ICE1基因密码子偏好性分析及受体系统选择

• 作者: 宋芸 贾孟君 陈亮 贺嘉欣 高建华 乔永刚
• 来源期刊: 植物生理学报
• 关键词: 忍冬 ICE1 密码子偏好性 系统聚类 瞬时表达
• 年，卷（期）: 2020,（11）
• 所属期刊栏目: 研究报告|Original Papers
• 页码范围: 2459-2468
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13592/j.cnki.ppj.2020.0023

摘要

为揭示忍冬(Lonicerajaponica)ICE1基因密码子使用特性,运用CodonW软件、EMBOSS在线程序分析了其密码子的使用偏好性,与山茶等8种植物的ICEl基因的密码子偏好性进行比较,并进行中性绘图、ENc分析和奇偶偏好偏差分析.结果表明:忍冬/CEl基因密码子偏好以A/T结尾,且密码子使用偏好性较弱;RSCU值分析确定忍冬ICE1基因中有27个高频密码子;系统聚类发现,基于CDS的系统聚类比基于RSCU值的系统聚类更加准确;碱基成分和相关性分析发现ICE1密码子除突变影响外,选择效应也产生了一定的影响;密码子使用频率分析发现,拟南芥和烟草均可作为忍冬ICE1基因的遗传转化受体,酵母菌表达系统较大肠杆菌更适合忍冬ICE1基因的异源表达.忍冬ICE1基因密码子偏好性分析及瞬时表达验证,能够为该基因的异源表达和分子遗传研究提供一定的基础.