基于DIA/SWATH的质谱定量技术研究皮肤鳞状细胞癌患者的血清蛋白质组学

• 作者: 乐飞 刘智文 张丽 游小龙 袁分钱 陈雯 饶军 高源
• 来源期刊: 实用癌症杂志
• 学科: 医学
• 关键词: DIA 蛋白组学 CSCC MAPK
• 年，卷（期）: 2020,（12）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 1928-1931
• 页数: 4页
• 分类号: R739.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-5930.2020.12.004

摘要

目的 从分子水平研究皮肤鳞状细胞癌(CSCC)血清蛋白组学的变化,为该病的发生、发展机制研究及分子靶向药物的研发提供理论依据.方法 基于高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集(Data Independent Acquisition,DIA)定量蛋白质组学技术,比较CSCC患者与正常人血清中蛋白种类和浓度的差异.而后根据这些差异蛋白进行生物信息分析:GO功能及富集分析、Pathway代谢通路富集和蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)分析.结果 在待测血清样品中共检测到411个蛋白.通过对比6个CSCC和6个正常人血清样品的蛋白图谱特征,发现共有28个蛋白具有显著性差异.GO富集分析结果表明biological process(BP)、cellular component(CC)和molecular function(MF)三个本体中分别有533个、62个和57个显著性差异的条目(GO terms).KEGG pathway分析提示这些差异蛋白显著地富集在pantothenate and coA biosynthesis、MAPK signaling pathway、propanoate metabolism、pyruvate metabolism和cysteine and methionine metabo-lism五条代谢通路上.进一步的PPI分析表明10条代谢通路和8个蛋白相互关联,具体包括癌症相关的代谢途径gly-colysis/gluconeogenesis、MAPK signaling pathway等,以及与癌症发生密切关联的的蛋白CTSB、LDHB等.结论 一些潜在的生物标志物可能用于早期诊断CSCC,同时MAPK信号通路在该病的发生发展过程中具有十分重要的作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘智文		22	103	6.0	9.0
2	陈雯		1	0	0.0	0.0
3	游小龙		1	0	0.0	0.0
4	袁分钱		1	0	0.0	0.0
5	张丽		1	0	0.0	0.0
6	乐飞		1	0	0.0	0.0
7	高源		1	0	0.0	0.0
8	饶军		1	0	0.0	0.0