志贺氏菌CRISPR位点的比较基因组学及与质粒数量的相关性分析

• 作者: 易松强 曲道峰 陆诗铫 陈跃文 韩剑众 黄东萍 龚俏玲
• 来源期刊: 中国食品学报
• 关键词: 志贺氏菌 CRISPR 间隔区 外源基因 质粒
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 分析与检测
• 页码范围: 242-250
• 页数: 9页
• 字数: 5718字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16429/j.1009-7848.2020.05.030

摘要

成簇规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)在多数细菌和古生菌中广泛存在,该遗传结构可以有效防御外源DNA(如质粒、噬菌体等)的侵袭,从而降低外源基因的水平转移.本文的研究对象为志贺氏菌属中的鲍氏志贺氏菌、痢疾志贺氏菌、宋内氏志贺氏菌以及福氏志贺氏菌等40株菌.研究不同志贺氏菌种中CRISPR位点的结构差异,其与可移动质粒之间的关联.采用生物信息学的方法比较间隔序列与插入序列的同源性,判断CRISPR位点与RNA二级结构稳定性的关系.结果:40株志贺氏菌中均含CRISPR结构,共有241个CRISPR位点和6个确定位点.本研究发现cas3基因和重复序列均不可作为这4类细菌的分类依据.结论:CRISPR位点的数量和间隔区数量之间在统计学上无关.耐药基因、间隔序列整合子等移动遗传原件具有一定的同源性,表明志贺氏菌在进化过程中不断受到外源基因的侵袭.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	韩剑众	浙江工商大学食品与生物工程学院	64	474	12.0	20.0
2	曲道峰	浙江工商大学食品与生物工程学院	25	63	4.0	7.0
3	陈跃文	浙江工商大学食品与生物工程学院	5	8	1.0	2.0
4	易松强		26	9	2.0	2.0
5	陆诗铫	浙江工商大学食品与生物工程学院	1	0	0.0	0.0
6	黄东萍	浙江工商大学食品与生物工程学院	1	0	0.0	0.0
7	龚俏玲	浙江工商大学食品与生物工程学院	1	0	0.0	0.0