湖北道地药材中潜在抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性成分的计算机虚拟筛选

• 作者: 刘新桥 宋炜 梅之南 王静 胡贝 袁桥玉
• 来源期刊: 中国医院药学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 湖北道地药材 新型冠状病毒 分子对接 活性成分
• 年，卷（期）: 2020,（17）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1799-1804
• 页数: 6页
• 分类号: R285
• 语种: 中文
• DOI: 10.13286/j.1001-5213.2020.17.02

摘要

目的:运用计算机虚拟筛选技术寻找湖北道地药材中抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的小分子抑制剂.方法:以药材名为关键词,在知网和PubMed数据库中搜索湖北道地药材的主要化学成分,从Pubchem数据库下载相应化合物结构,以新型冠状病毒3CL水解酶蛋白和血管紧张素转换酶Ⅱ(ACE2)为靶点,利用Sybyl软件中蛋白质预处理工具确定活性区域,应用Surflex-dock模块对小分子与靶蛋白进行分子对接,通过Total Score打分函数筛选出活性成分,采用Discovery Studio软件分析结合最好的蛋白复合体的相互作用力.结果:分子对接结果显示苍术苷A、厚朴木脂素C、异鼠李素是与SARS-CoV-23CL水解酶结合最强的3个化学成分,木兰苷B、3,4-O-二咖啡酰奎宁酸、木兰苷D是与ACE2结合最强的3个化学成分,与抑制剂洛匹那韦、利托那韦得分接近,可能为中药苍术、厚朴和菊花抗SARS-CoV-2的潜在活性成分,化合物与蛋白之间的相互作用力以氢键、疏水作用力为主.结论:基于分子对接技术虚拟筛选潜在的抗新型冠状病毒的中药化学成分,为湖北道地药材抗击SARS-CoV-2提供了科学指导与理论依据.