用并行计算从基因表达数据构建大规模基因调控网络

• 作者: 卓慕瑰 周柚 郑明
• 来源期刊: 计算机应用研究
• 关键词: 基因调控网络 大规模数据集 并行计算 阈值限定 基因表达数据
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 算法研究探讨
• 页码范围: 2041-2044
• 页数: 4页
• 分类号: TP18
• 语种: 中文
• DOI: 10.19734/j.issn.1001-3695.2018.12.0937

摘要

为解决大规模基因调控网络构建算法精度不高、计算时间过长的问题,提出一种从基因表达数据分析出发,并行计算和阈值限定相结合的新算法来构建大规模基因调控网络.该算法中基因间交互强度值采用条件互信息值度量,并行计算采用GPU与CPU相结合的CUDA与OpenMP架构.综合数据集的运行结果证明该算法较新的构建算法(如贝叶斯模型算法和微分方程模型算法)相比,在构建大规模基因调控网络时有更高的运算精度和更短的运行时间.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周柚	吉林大学计算机科学与技术学院	13	21	3.0	4.0
2	郑明	梧州学院广西高校行业软件技术重点实验室	4	13	2.0	3.0
6	卓慕瑰	梧州学院广西高校行业软件技术重点实验室	4	13	2.0	3.0