基于接触图残基对距离约束的蛋白质结构预测算法

• 作者: 周晓根 张贵军 胡俊 谢腾宇
• 来源期刊: 计算机科学
• 学科: 工学
• 关键词: 蛋白质结构预测 从头预测 残基对距离 接触图 进化算法 片段组装
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 计算机科学理论
• 页码范围: 59-65
• 页数: 7页
• 分类号: TP301.6
• 字数: 5518字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11896/jsjkx.181202395

摘要

从头预测是蛋白质结构建模的一种重要方法,该方法的研究有助于人类理解蛋白质功能,从而进行药物设计和疾病治疗.为了提高预测精度,文中提出了基于接触图残基对距离约束的蛋白质结构预测算法(CDPSP).基于进化算法框架,CDP-SP将构象空间采样分为探索和增强两个阶段.在探索阶段,设计基于残基对距离的变异与选择策略,即根据接触图的接触概率选择残基对,并通过片段组装技术对所选择的残基对的邻近区域进行变异;将残基对距离离散化为多个区域并为其分配期望概率,根据期望概率确定是否选择变异的构象,从而增加种群的多样性.在增强阶段,利用基于接触图信息的评分指标,结合能量函数,衡量构象的质量,从而选择较优的构象,达到增强CDPSP近天然态区域采样能力的效果.为了验证所提算法的性能,通过CASP12中的10个FM组目标蛋白质对其进行了测试,并将其与一些先进算法进行比较.实验结果表明,CDPSP可以预测得到精度较高的蛋白质三维结构模型.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张贵军	浙江工业大学信息工程学院	68	419	12.0	15.0
2	胡俊	浙江工业大学信息工程学院	9	32	3.0	5.0
3	谢腾宇	浙江工业大学信息工程学院	1	0	0.0	0.0