基于文献的冠心病血瘀证相关蛋白互作模块及miRNA-mRNA调控网络构建

• 作者: 谌子诺 王阶 陈恒文 刘咏梅 何浩强 陈光 杨光 周思远
• 来源期刊: 世界科学技术-中医药现代化
• 关键词: 冠心病 血瘀证 miRNA-mRNA调控网络 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（11）
• 所属期刊栏目: 专题讨论一:冠心病血瘀证生物学基础与中药药理机制研究|Thematic Dicussion Ⅰ :Biological Basis and Pharmacological Mechanism Studies on Coronary Heart Disease with Blood Stasis Synd
• 页码范围: 3872-3881
• 页数: 10页
• 分类号: R259
• 语种: 中文
• DOI: 10.11842/wst.20200811015

摘要

目的 整合发掘更多冠心病血瘀证的标志基因,研究已知冠心病血瘀证差异基因的生物机理,构建关键蛋白互作模块与miRNA-mRNA调控网络,丰富靶点间的相互作用网络,并分析其核心生物过程与通路.方法 利用中国知网、万方、维普、中国生物医学文献、Embase、PubMed六个数据库获取冠心病血瘀证相关基因文献;按照纳排标准筛选符合要求的文献提取数据,运用Metascape数据库针对全部差异mRNA构建蛋白质间互相作用的网络模块,并对上调mRNA和下调mRNA的通路进行富集和功能注释.利用starBase数据库预测冠心病血瘀证相关miRNA的靶基因,并与文献整合的差异mRNA相互映射,运用OmicShare Tools绘制冠心病血瘀证相关miRNA-mRNA调控网络.结合Webgestalt在线工具,针对miRNA-mRNA调控网络中相关mRNA进行KEGG和GO富集分析.结果 研究纳入冠心病血瘀证相关基因文献15篇,获得113个mRNA(66个上调、47个下调),101个miRNA(55个上调、46个下调).研究通过蛋白互作网络得到2组关键蛋白:①IL6、EGR1、TP53、JUN、FOS;②CTSL、HLA-DRB1、HLA-DQB1、HLA-DRB5.构建得到miRNA-mRNA调控网络的关键节点,包括24个miRNA(10个上调、14个下调)和22个mRNA(10个上调、22个下调),其中10个节点与部分纳入文献的研究结果吻合.结论 冠心病血瘀证涉及多种生物功能、多条信号通路,其miRNA-mRNA调控网络机制可能与炎症和免疫反应、凝血功能、细胞分化与凋亡等较为相关.