颅内动脉瘤的相关信号通路基因集富集及免疫浸润分析

• 作者: 古龙 周牮 庞金伟 张丽芳 彭建华 江涌 谢雨珂 郭科成 陈礼刚
• 来源期刊: 中国实验方剂学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 颅内动脉瘤 基因表达谱 基因集富集分析 免疫浸润 炎症细胞 蛛网膜下腔出血 中药
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 数据挖掘
• 页码范围: 178-185
• 页数: 8页
• 分类号: R22|R543|R28|C37|Q34
• 语种: 中文
• DOI: 10.13422/j.cnki.syfjx.20192347

摘要

目的:基于基因芯片技术,对颅内动脉瘤(IA) mRNA表达谱芯片数据进行基因集富集分析(GSEA)和免疫浸润分析,为深入了解IA的形成机制提供理论依据.方法:从基因表达数据库(GEO)中获取GSE75436芯片数据,利用R软件对基因表达谱进行基因本体论(GO)中生物学过程(BP)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路的GSEA;采用CIBERSORT反卷积方法对表达谱中22种免疫细胞浸润比例进行分析;应用COREMINE数据库对显著富集过程进行中药预测.结果:GSEA结果显示,IA样本的基因表达改变主要涉及细胞因子的调节、白细胞激活及分化、炎症免疫应答等过程.对免疫细胞的浸润矩阵分析结果表明,静息肥大细胞和中性粒细胞在IA样本中显著减少.配对样本的分析结果显示,同一个体的IA样本中肥大细胞和自然杀伤细胞(NK细胞)呈明显活化趋势,而中性粒细胞和初始CD4+T细胞明显减少.通过COREMINE预测发现,防己与粒细胞激活相关,黄连木、无患子与中性粒细胞激活相关,瓜蒌子、白芍和女贞子与NK细胞介导的细胞毒性相关.结论:肥大细胞活化和NK细胞活化与IA发生发展密切相关,筛选出的核苷酸结合寡聚化结构域(NOD)样受体(NLR)信号通路以及NK细胞介导的细胞毒性等炎症免疫相关通路可能作为IA形成机制中的重要影响因素,而防己等中药可能作为其潜在的分子药物来源.