基于TCMSP数据库中药成分的新型冠状病毒3CL水解酶抑制剂虚拟筛选

• 作者: 刘妍如 周瑞 唐志书 宋忠兴 李宏 李晓红 段金廒 江大海 王征 王梅
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎 3CL水解酶 TCMSP数据库 分子对接
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 抗新冠肺炎-网络药理学专栏
• 页码范围: 1694-1703
• 页数: 10页
• 分类号: R285.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2020.07.003

摘要

目的 运用分子对接技术模拟预测TCMSP数据库中药成分对新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 3CL水解酶的作用.方法 基于SARS-CoV-2 3CL水解酶的PDB晶型结构(6LU7),构建虚拟靶标模型,以TCMSP数据库中的13 143个化合物为配体筛选对象,以6LU7原配体分子为对照,采用薛定谔2018软件,以Glide程序建立6LU7分子对接体系.然后以原配体分子的对接打分结果为阈值,口服生物利用度(OB)≥30％或类药性(DL)≥0.18为标准筛选候选化合物.最后建立“成分-药材-归经-功效”网络,对候选成分的主要药材归属和作用功效进行总结.结果 按照对接打分、OB、DL筛选标准,共筛选得到60个化合物.受体-配体相互作用结果显示,候选化合物主要与靶点蛋白的GLU166、GLY143、ASP187、CYS145、GLN 189和LEU141等发生氢键作用.网络预测结果显示,所筛选化合物主要归属药材为甘草、桑白皮、满山红、虎杖和车前草等,肺脏是作用的关键靶器官,其作用功效以清热解毒、止咳祛痰、泻肺平喘等为主.结论 对TCMSP数据库化合物进行虚拟分子对接得到的结果为SARS-CoV-2 3CL水解酶抑制剂筛选提供了相关数据.