甜菜ARF基因家族生信分析及种子萌发期差异表达

• 作者: 刘乃新 吴玉梅
• 来源期刊: 中国农学通报
• 学科: 农学
• 关键词: 甜菜 ARF基因家族 生信分析 干旱胁迫 萌发期
• 年，卷（期）: 2020,（26）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 22-28
• 页数: 7页
• 分类号: S566.3
• 语种: 中文

摘要

本研究旨在了解甜菜种子在萌发期,干旱环境条件下,ARF基因家族的表达差异.对处理组(15％PEG模拟干旱胁迫)和对照组(蒸馏水)萌发期3个阶段(千种子、种壳开裂、露白)甜菜样品进行了转录组测序.采用生物信息学方法对甜菜ARF基因系统进化、蛋白保守结构域、染色体分布、干旱下差异表达量进行了分析.氨基酸序列分析表明,甜菜萌发期ARF转录因子含有8个保守元件,8个保守元件的结构域所含有的氨基酸位点数量不一致,推测与相应的DNA分子进行结合和行使功能有关,在染色体上呈不均匀分布.转录组测序结果表明,干种子,种壳开裂和露白这3个时期,对照条件下和干旱条件下,EntrezID-104886784,104903260,104908672三种基因表达均量逐渐升高,且升高趋势明显.干旱胁迫条件下种壳开裂时,EntrezID-104886784表达量升高最为明显,其次是EntrezID-104903260,EntrezID-104908672表达量升高较少;对照中EntrezID-104908672,EntrezID-104886784表达量升高明显.而到了露白的时候,仅EntrezID-104903260表达量升高最为明显.甜菜基因组共有14个ARF转录因子,其中3个转录因子在干旱胁迫下差异表达,且预测干旱条件对EntrezID-104908672,EntrezID-104903260两个基因影响显著.