基于数据库的胃癌相关差异表达基因筛选及生物学功能分析

• 作者: 张越时 郭隽馥
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: 胃癌相关基因 胃癌 生物信息学分析 数据库
• 年，卷（期）: 2020,（27）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 29-34
• 页数: 6页
• 分类号: R735.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2020.27.007

摘要

目的 基于数据库筛选胃癌相关差异表达基因,分析胃癌相关差异表达基因的生物学功能及相关信号通路,探索胃癌相关核心差异表达基因与胃癌预后的关系.方法 从GEO数据库选取胃癌相关基因芯片GSE79973、GSE54129,应用GEO2R分别筛选出两组芯片胃癌组织与正常胃黏膜组织的差异表达基因,取交集后得到共有差异表达基因.应用DAVID对差异表达基因进行生物学功能及信号通路分析.采用STRING构建差异表达基因蛋白互作网络,应用Cytoscape软件的MCODE插件筛选胃癌相关核心差异表达基因.对核心差异表达基因与胃癌预后的关系进行分析.结果 相对于正常胃黏膜组织,胃癌组织差异表达基因共164个,其中42个上调、122个下调,主要存在于胞外区、蛋白细胞外基质、细胞外基质、细胞外外泌体等部位,主要涉及细胞外基质受体相互作用、局部黏附、蛋白质消化和吸收、细胞色素P450代谢等相关通路.初步筛选出13个胃癌相关核心基因(COL1A2、BGN、THBS2、FN1、THBS1、COL1A1、COL4A1、SPARC、COL11A1、COL6A3、COL12A1、TIMP1、SPP1),除THBS1外,其余12个与胃癌不良预后明显相关(P均<0.05).结论 与正常胃黏膜组织相比,胃癌组织相关差异表达基因共164个,其中42个上调、122个下调,主要在胞外区、蛋白细胞外基质等部位,主要与细胞外基质受体相互作用、局部黏附等相关通路有关;13个胃癌相关核心基因COL1A2、BGN、THBS2等中有12个与胃癌不良预后相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭隽馥		34	85	6.0	7.0
2	张越时		5	3	1.0	1.0