老药新用:基于基因表达谱和Connectivity Map对丹参酮ⅡA药理作用的再认识

• 作者: 徐凤芹 李婧 杨志旭 盛松 黄烨
• 来源期刊: 中西医结合心脑血管病杂志
• 关键词: 丹参酮ⅡA 基因表达谱 药物重定位 领头亚群 基因共表达 疾病本体富集分析
• 年，卷（期）: 2020,（18）
• 所属期刊栏目: 临床医学论著
• 页码范围: 2967-2973
• 页数: 7页
• 分类号: R961|R289.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.12102/j.issn.1672-1349.2020.18.006

摘要

目的 通过GEO基因表达谱数据和Connectivity Map(Cmap)对丹参酮ⅡA(TanⅡA)药理作用进行重定位和再认识.方法 首先从GEO中下载与TanⅡA有关的基因芯片,然后使用R软件依次对原始数据进行标准化处理、填补缺失值、探针名批量转换、筛选TanⅡA差异基因等操作.进而使用GSEA 3.0软件对所有差异基因进行基因集富集分析(GSEA)和领头亚群分析,寻找基因集中差异表达不显著却有重要生物学意义的基因.最后通过Cmap将获得的TanⅡA差异基因和领头亚群进行药物重定位,使用Coexpedia和差异基因和领头亚群构建基因共表达网络,寻找关键基因,并进一步做共表达基因的疾病本体(DO)富集分析.结果 从GEO中获得经TanⅡA和二甲基亚砜(DMSO)处理的MCF7细胞原始表达谱数据集,利用R软件获得差异表达基因369个,然后运用GSEA 3.0软件从数据集中选取得到领头亚群10个.差异基因和领头亚群合并后通过Cmap分析得到正性评分接近+1的化合物22个,提示TanⅡA具有与这些化合物相同的药理作用.使用线上工具Coexpedia构建基因共表达网络,并进一步做DO富集分析得到DO富集条目192个(P<0.05),显著富集条目70个(P<0.01).结论 基于上述分析推断TanⅡA具有多种药理作用,有治疗心血管疾病、肿瘤、呼吸系统疾病、慢性炎症性疾病等多种疾病的前景.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐凤芹		92	1146	20.0	32.0
2	杨志旭		66	301	10.0	13.0
3	黄烨		20	182	7.0	13.0
4	李婧		17	120	6.0	10.0
5	盛松		2	1	1.0	1.0