布鲁氏菌Omp2b蛋白抗原表位的生物信息学分析

• 作者: 丁剑冰 张峰波 李大伟 李智伟 江晓明 沙桐 赵骁 陈志强
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: 布鲁氏菌 外膜蛋白2b 生物信息学 T细胞表位 B细胞表位
• 年，卷（期）: 2020,（34）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 6-10
• 页数: 5页
• 分类号: R516.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2020.34.002

摘要

目的 利用生物信息学软件分析布鲁氏菌外膜蛋白2b(Omp2b)蛋白的抗原表位.方法 从NCBI数据库中获取羊布鲁氏菌Omp2b蛋白的氨基酸序列.通过ProtParam软件分析Omp2b蛋白的理化性质;利用SOMPA在线软件分析Omp2b蛋白的二级结构;使用SWISS-MODEL在线分析和构建Omp2b蛋白的三级结构,并使用RasMol2.7.2.1软件分析.利用IEDB、DNAStar软件预测Omp2b蛋白的B细胞抗原表位;利用SYFPEITHI、IEDB软件预测Omp2b蛋白的T细胞抗原表位.结果 对Omp2b蛋白的一级结构分析发现,Omp2b蛋白是一种稳定亲水性蛋白质;在Omp2b蛋白的二级结构中,无规卷曲和β转角构成较多;Omp2b蛋白的三级结构是环状的,非常稳定,其表位主要位于三级结构的上部和下部.经DNAStar、IEDB软件预测,Omp2b蛋白具有8个B细胞抗原表位,其位点分别位于66～85、115～131、169～176、184～188、196～212、268～286、306～316、328～352.经SYFPEITHI、IEDB在线软件预测,Omp2b蛋白具有7个CTL优势表位,其位点分别位于76～84、102～110、231～239、241～249、290～298、329～337、335～343;Omp2b蛋白具有3个Th优势表位,其位点分别位于133～147、178～192、202～216.结论 布鲁氏菌Omp2b蛋白具有7个CTL优势表位、3个Th优势表位和8个B细胞抗原表位,具有良好的免疫原性.这为布鲁氏菌病诊断和疫苗研发提供了一定理论依据.