基于GEO数据库分析膝骨关节炎软骨的关键差异基因

• 作者: 朱根福 许展仪
• 来源期刊: 世界最新医学信息文摘（连续型电子期刊）
• 学科: 医学
• 关键词: 骨关节炎 GEO数据库 生物信息学 GO富集分析 KEGG富集分析
• 年，卷（期）: 2020,（27）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 6-8
• 页数: 3页
• 分类号: R593.22
• 字数: 3550字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-3141.2020.27.003

摘要

目的 采用生物信息学方法 筛选分析膝骨关节炎(OA)相关差异表达基因(DEGs),探究其生物学功能和分子机制.方法 从GEO在线数据库下载膝骨关节炎(OA)微阵列数据集GSE117999,其包括12个骨关节炎软骨样品和12个匹配的对照样品.使用GEO2R在线分析工具进行分析,该工具基于Limma工具包对数据进行分析,以筛选差异表达的基因.使用DAVID数据库和KEGG在线数据库分析差异表达基因的GO和KEGG信号通路富集结果 .基于STRING数据库的信息分析蛋白质-蛋白质互相作用(PPI),通过Cytoscape软件3.7.0进行PPI网络可视化构建和关键基因筛选.结果 结果 筛选出76个DEGs,其中上调基因33个,下调基因43个.差异表达基因主要涉及MHC II类受体活性、ATP酶活性,主要集中于反高尔基网络膜、MHC II类蛋白复合物、内质网膜腔侧的组成部分、核体等,主要与防御真菌、抗菌体液反应、对革兰氏阳性细菌的防御反应、慢性炎症反应、先天免疫反应有关.Cathelicidin抗菌肽(Cathelicidin Antimicrobial Peptide,CAMP)、防御素α3(Defensin Alpha 3,DEFA3)、防御素α4(Defensin Alpha 4,DEFA4)、基质金属肽酶3(Matrix Metallopeptidase 3,MMP3)等基因为PPI网络的核心基因.结论 通过对骨性关节炎相关芯片数据的生物信息学分析发现,在骨性关节炎组织中的差异表达CAMP、DEFA3、DEFA4将可能成为骨性关节炎治疗的新靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱根福		16	59	6.0	7.0
2	许展仪		1	0	0.0	0.0