2020年天津市宁河区急性胃肠炎聚集疫情病原体轮状病毒全基因组序列分析

• 作者: 雷玥 庄志超 田宏 董兴华 李晓燕
• 来源期刊: 疾病监测
• 关键词: 轮状病毒 全基因组 G9P[8] 变异
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 传染病监测|Infectious Disease Surveillance
• 页码范围: 417-422
• 页数: 6页
• 分类号: R211|R511|R181.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3784/jbjc.202012020407

摘要

目的 分析2020年天津市宁河区一起急性胃肠炎聚集疫情的病原A组轮状病毒(RVA)的全基因组序列,调查原因及防控措施.方法 对送检轮状病毒阳性粪便标本核酸进行提取,经real-time PCR进一步确证;构建DNA测序文库,采用二代测序法进行测序,合格序列拼接为11条基因片段.对轮状病毒重要VP7、VP4和NSP4等序列进行系统进化和重要抗原表位变异分析.结果 经确认4份样本为RVA阳性,二代测序成功获得4株轮状病毒全基因序列.4株RVA相似性为99％以上,所获毒株均为Wa-like基因组群,G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1.亲缘关系树分析所有毒株的VP7基因属于G9-Ⅵ,VP4基因属于P[8]-3亚型.基因序列进一步揭示了 VP7和VP4抗原表位存在氨基酸位点替代现象.并且在非结构蛋白NSP4基因的Ⅰ型和Ⅱ型抗原表位上存在氨基酸位点的改变.其余结构蛋白和非结构蛋白均相对保守.结论 G9-Ⅵ亚型、P[8]-3亚型RVA是本次疫情的病原体,本次所获得的4株轮状病毒与现流行毒株变异较小,但应加强轮状病毒全基因组的进化监测,为掌握其流行趋势的变化和开展有效的疫情防控提供科学数据.